Istituto CSSMendel
ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI
DSQ 05, Rev. 13 Data 10-11-2014
Diagnosi di Genetica Molecolare Referente di Settore: Dr Alessandro De Luca PATOLOGIA
TEST GENETICO POSTNATALE
TEMPI DI TIPOLOGIA REFERTAZIONE CAMPIONE
n.
nome
TEST GENETICO
metodo
giorni
1
Acondroplasia
FGFR3-SEQ
PCR/SEQ
30
S.ED.
2
Epidermolisi Bollosa Ereditaria Analisi forensi Angelman, Sindrome di
FGFR3-RE EBE-MUT EBE-STRs FOR-STRs PWS/AS-UPDcr15 PWS/AS-DEL/MET SMN1-DEL SMN1-RE SMN1-STRs BWS-UPDcr11 BWS -DEL/MET EYA1-GENE EYA1-MUT NGS-RASopatie BRAF-GENE BRAF-MUT NGS-RASopatie MODY2/GENE MODY3/GENE UPDcr2-STRs UPDcr6-STRs UPDcr14-STRs UPDcr16-STRs UPDcr20-STRs GJA1-SEQ GJA1-MUT SGCE-GENE SGCE-MUT DYT1-STR DYT6/THAP1/GENE DMPK-STRs DMPK-LONG DMPK-SHORT DMPK-BLOT CAV3-GENE CAV3-MUT EVC-GENE EVC2-GENE EVC/EVC2-MUT EVC/EVC2-STRs
PCR/2RE PCR/SEQ PCR/STR PCR/STR PCR/STR MLPA MLPA PCR/RE PCR/STR PCR/STR MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR/SEQ PCR/STR PCR-STR PCR/STR PCR-S.BLOT PCR/SEQ PCR/SEQ PCRSEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 120 15 120 60 15 120 60 60 30 30 30 30 30 30 15 90 15 30 30 30 60 30 60 30 15 90 90 15 30
S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
EXT1-GENE EXT1-MUT EXT2-GENE EXT2-MUT EXT1/EXT2-STRs
PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR
90 15 90 15 30
S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
3 4 5
Atrofia muscolare spinale
6
Beckwith-Wiedemann, Sindrome di Branchio-Oto-Renale, Sindrome Cardiofaciocutanea, Sindrome di
7 8 9 10
Costello Sindrome Diabete MODY
11
Disomia Uniparentale
12 13
Displasia OculoDentoDigitale Distonia mioclonica
14
Distonia primaria
15
Distrofia miotonica di Steinert
16
Distrofia muscolare dei cingoli di tipo 1C Ellis-Van Creveld,Sindrome di
17
18
Esostosi multiple ereditarie
Pagina 1 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.
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ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI
PATOLOGIA n.
nome
19
Fibrosi cistica
20
22 23 24 25
Hallervorden-Spatz, Sindrome di Insensibilità agli androgeni Ipocondroplasia Joubert, Sindrome di Kennedy, Malattia di Legius, Sindrome di
26
Leopard, Sindrome di
27
Martin Bell, Sindrome di
28
Microdelezioni cromosoma Y Microftalmia sindromica 3
21
29 30 31
Miotonia congenita di Thomsen/Becker Neoplasie endocrine multiple tipo 2
32
Neurofibromatosi tipo 1
33
Noonan, Sindrome di
TEST GENETICO POSTNATALE
DSQ 05, Rev. 13 Data 10-11-2014
TEMPI DI REFERTAZIONE
TIPOLOGIA CAMPIONE
TEST GENETICO
metodo
giorni
CFTR-NLM 38 CFTR-NLM PLUS CFTR-NLM-DEL CFTR-RDB-17+19 CFTR-RDB-17 CFTR-RDB-19 CFTR-RDB-IT CFTR-MUT PANK2-GENE PANK2-MUT AR-GENE AR-MUT FGFR3-SEQ SJ-MUT AR-STRs NGS-RASopatie SPRED1-GENE SPRED1-MUT NGS-RASopatie PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT BRAF-GENE BRAF-MUT FMR1-S.BLOT FMR1-STR FMR1-STR-Ab FMR1-STRs-AmpX FMR1-mPCR AmpX FMR1-MS-MLPA AZFc-PCR
PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/REV DOT BLOT PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR NGS PCR/SEQ PCR/SEQ NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR-S.BLOT PCR/STR PCR/STR PCR/STR PCR/STR MS-MLPA PCR
30 30 30 30 30 30 30 15 60 15 60 15 30 15 30 120 60 15 120 90 15 60 15 60 15 90 30 30 30 30
S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
30
S.ED.
SOX2-GENE SOX2-MUT CLCN1-GENE CLCN1-MUT RET-GENE RET-MUT
PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ
60 15 90 15 60 15
S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
NGS-RASopatie NF1-MLPA NF1-GENE NF1-MUT NF1-STRs NGS-RASopatie PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT SOS1-GENE SOS1-MUT SHOC2-SEQ BRAF-GENE BRAF-MUT
NGS MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR NGS PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ
120 30 180 15 30 120 90 15 60 15 90 15 30 60 15
S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. Pagina 2 di 6
N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.
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PATOLOGIA n.
nome
34
Parkinson, Malattia di
35
Prader Willi, Sindrome di
36
Rene policistico dell’adulto Rene policistico infantile Silver-Russell, Sindrome di Sordità indotta da streptomicina
37 38 39 40
Sordità neurosensoriale AR1
41
Trombofilia
42
Wolfram, Sindrome di
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TEST GENETICO POSTNATALE
DSQ 05, Rev. 13 Data 10-11-2014
TEMPI DI REFERTAZIONE
TIPOLOGIA CAMPIONE
TEST GENETICO
metodo
giorni
PARK-MLPA PARK2-GENE PARK2-MUT LRRK2-EX41-SEQ PWS/AS-UPD-cr15 PWS/AS-DEL/MET
MLPA PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR MLPA
30 60 15 30 30 30
S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
PKD1-PKD2-STRs
PCR/STR
60
S.ED.
PKHD1-STRs
PCR/STR
60
S.ED.
SRS_UPD-cr7 SRS-DEL/MET MTRNR1-SEQ MTRNR1-RE MTTS1-SEQ GJB2-GENE GJB2-MUT GJB2-EX1 CX26-CX30 TRB-RDB-3 TRB-RDB-4 TRB-RDB-14 FV Leiden-MUT FII – MUT MTHFRA-MUT MTHFRC-MUT WFS1-GENE WFS1-MUT
PCR/STR MLPA PCR/SEQ PCR/RE PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/SEQ PCR/STR PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT RT-PCR RT-PCR RT-PCR RT-PCR PCR/SEQ PCR/SEQ
30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 15 15 15 15 15 60 15
S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED. S.ED.
N.B.: Su richiesta possono essere eseguite le diagnosi prenatali per le sopraelencate patologie, per le quali è previsto un tempo di refertazione di 15 giorni, ad eccezione di quei test che necessitano di campione di DNA estratto da amniociti coltivati (come ad esempio, la S. di Martin Bell e l’Atrofia Muscolare Spinale). In caso di test di screening del portatore o diagnostico su pazienti che hanno in corso una gravidanza, i tempi di refertazione sono di 21 giorni. Se il test di screening del portatore o diagnostico è eseguito su pazienti che hanno in corso una gravidanza, ma hanno una familiarità e/o un sospetto diagnostico o altra segnalazione del medico inviante, i tempi di refertazione sono di 15 giorni. In ogni caso è’ indispensabile un accordo preliminare con il Referente del Settore Diagnostico. LEGENDA: S.ED. da 2 a 10 ml sangue periferico in EDTA PCR: reazione polimerasica a catena SEQ: sequenziamento automatico 2RE: restrizioni enzimatiche STR: micro satelliti
MLPA: dosaggio genico S. BLOT: Southern Blot REV DOT BLOT: Reverse Dot Blot NGS: Next Generatione Sequence
Pagina 3 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.
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ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI
DSQ 05, Rev. 13 Data 10-11-2014
DIAGNOSI CITOGENETICA Responsabile di Struttura Semplice: Dr Antonio Novelli Indagini Citogenetiche
Campione
Tempi di attesa
Tipo
Quant ità
5 ml
Test rapido Aneuploidie cromosomi 13, 18, 21, X, Y
Liquido amniotico
48-72 ore
Cariotipo su sangue periferico (SP)
Sangue in eparina sodica
5 ml
Villi coriali
20 mg
28 gg.*
7 gg. Diretta 21 gg. In coltura
Cariotipo su villi coriali (CVS)
Liquido amniotico
> 16 ml
Cariotipo su liquido amniotico (LA)
21 gg.
Cariotipo su materiale abortivo (MA o POC)
Materiale abortivo Villi 20 mg
30 gg.
amniotico: nuclei
5 ml
7gg.
in interfase
2.
metafa 2 vetrini si fissate
7gg.
su vetrino Studio dei riarrangiamenti cromosomici
3.
Note tecniche
Valori di riferimento
QF-PCR (Quantitative Fluorescent Polymerase Chain Reaction)
Identificazione delle aneuploidie numeriche dei cromosomi 13,18,21 e XY mediante microsatelliti Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali
Assenza/Presenza di aneuploidie dei cromosomi 13,18,21 e XY
Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali
Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali
Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali
Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali
Identificazione di aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali
Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali
Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde subtelomeriche)
Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni
Caratterizzazione di riarrangiamenti strutturali (sonde painting)
Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo
Coltura di linfociti, bandeggio GTG(400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Metodo diretto (mitosi spontanee) e/o indiretto [coltura cellulare a medio e/o lungo termine] , bandeggio GTG(400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico] Coltura di amniociti (in situ e/o in fiasca), bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Coltura cellulare (dal sacco amniotico, dal trofoblasto, dai tessuti propri del feto) , bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 bande), analisi cromosomi al microscopio ottico Ibridazione in situ fluorescente (FISH)
Liquido
1.
Metodo
metafa 1015ml si da
21gg
Assenza/Presenza di aneuploidie e aberrazioni strutturali
Studio aneuploidie Numero dei segnali di mediante sonde alfoidi ibridazione
coltura di amniociti Pagina 4 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.
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Indagini Citogenetiche
ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI
Campione
Tipo Studio dei riarrangiamenti cromosomici
Tempi di attesa
Metodo
metafa 2 vetrini
7gg
si fissate su vetrino 2.
Data 10-11-2014
Note tecniche
Valori di riferimento
Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde subtelomeriche)
Assenza/Presenza di microdelezione o micro duplicazioni
Caratterizzazione di riarrangiamenti strutturali (sonde painting)
Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo
Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi
Numero dei segnali di ibridazione
Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica)
Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni
Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi
Numero dei segnali di ibridazione
Separazione dei linfociti da sangue periferico mediante Ficoll dopo centrifugazione
Osservazione di proliferazione cellulare
Quantità
Villi coriali 1.
DSQ 05, Rev. 13
metafa 20 mg
21 gg
si da coltura di villo coriale
Sangue in
5ml
21 gg*
eparina sodica
Tessuto incluso in paraffina
5 fettine di 21 gg. inclusi in paraffina dallo spessore di 20μ
Analisi su preparati fissati in paraffina
Allestimento di linee linfoblastiche mediante EBV (Epstein Barr Virus)
Ibridazione in situ fluorescente (FISH)
cadauno
Sangue in eparina sodica
EBV (Epstein Barr Virus)
> 10 ml 30 gg.
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Indagini Citogenetiche
ELENCO DELLE INDAGINI ESEGUIBILI
Campione
Tipo
Tempi di attesa
10 ml
7 gg lavorativi
1 Coltura di liquido Amniotico
21gg
2. .Flask a confluenza
7 gg lavorativi
Villi coriali
Metodo
Note tecniche
Valori di riferimento
CGH Array (Comparative Genomic Hybridization)
Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante microarray
Assenza/Presenza di microdelezione o microduplicazioni
120 gg. *§
amniotico Studio dei riarrangiamenti genomici ad alta risoluzione
Data 10-11-2014
Quantit à
5 ml Sangue in eparina sodica + Sangue in EDTA 5ml
Liquido
DSQ 05, Rev. 13
Risoluzione da 10 Kb a1,0 Mb
20 mg 7 gg. lavorativi
1.frustolo di villo 2.coltura
21 gg.
cellulare di villo
Materiale abortivo
20 mg
30gg
* Quando l’analisi viene eseguita in regime di URGENZA I tempi di refertazione saranno ridotti a 7 giorni di calendario § I tempi di refertazione potranno subire variazioni in caso di necessità di approfondimenti sul paziente o sui familiari: più 21 gg per approfondimento tramite FISH più 30 gg per approfondimento tramite RT-PCR N.B.: in casi particolari, possono essere utilizzate anche altre tecniche di bandeggio.
Pagina 6 di 6 N.B.: In caso di prestazioni eseguite in regime di convenzione, gli oneri a carico dell’utente sono quelli previsti dalla legge.