« Eutrophisation » ou « Impact sur l’eau » : Ptot 0.008kg/tonne
Ce produit est issu de forêts gérées durablement et de sources contrôlées.
LOÏC
MANGIN Rédacteur en chef adjoint
Je est un autre, et vous aussi
Dans une lettre adressée le 15 mai 1871 à Paul Demeny, également poète, Arthur Rimbaud lance son fameux : « Je est un autre ». Et de poursuivre : « Si le cuivre s’éveille clairon, il n’y a rien de sa faute. Cela m’est évident : j’assiste à l’éclosion de ma pensée : je la regarde, je l’écoute. »
On peut y comprendre que le poète ne maîtrise pas ce qui s’exprime en lui. Au-delà de la création artistique, c’est toute la conception d’identité qui est ainsi remise en cause.
Exprimés à peine quatorze ans après les expériences de Mendel sur les pois et seulement deux ans après ceux de Friedrich Miescher isolant ce que l’on appellera bien plus tard ADN, les tourments de Rimbaud trouvent pourtant un écho formidable dans les plus récents travaux de génétique qui bousculent eux aussi la notion d’identité.
L’idée d’individualité devient floue. Et pour cause ! Notre génome est truffé de fantômes du passé, ceux de virus qui nous ont infectés et ceux d’autres espèces humaines avec qui nos ancêtres se sont métissés. Et l’on découvre que les gènes de nos microbiotes nous sont indispensables. À l’inverse, depuis l’avènement de l’épigénétique, on sait que notre patrimoine héréditaire, transmis à nos descendants, ne se résume pas à la seule séquence de l’ADN de nos chromosomes.
En un mot, nous sommes le fruit de forces plurielles, polyvalentes, parfois contradictoires. « La première étude de l’homme qui veut être poète, préconise Rimbaud un peu plus loin dans sa lettre, est sa propre connaissance, entière. » Ce numéro est l’occasion de tendre vers cette connaissance de vous-même, en réalisant que, poète ou non, vous êtes un autre, vous êtes même plein d’autres !
SOMMAIRE
N° 105
Novembre-décembre 2019
Qui sommes-nous ?
LES NOUVELLES RÉPONSES DE LA GÉNÉTIQUE
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votre collection de Hors-Séries Pour la science Tous les numéros depuis 1996 pourlascience.fr
P. 6
Repères
Définitions, grands principes, schémas… l’indispensable pour apprécier ce numéro.
P. 8
Avant-propos
AXEL KAHN
Tout est inné et tout est acquis : génétique et épigénétique interagissent en permanence
LA FIN DE L’ADN TOUT-PUISSANT
P.
14
Inné ou acquis ?
Une question obsolète
Luc-Alain Giraldeau et Denis Réale
On oppose souvent l’inné à l’acquis. C’est faire fi des interactions entre gènes et environnement.
P. 20
L’ADN, un livre ouvert sur vos origines ?
Catherine Bourgain, Audrey Sabbagh et Mauro Turrini
Le succès de la génétique récréative interroge : jusqu’où le génome récapitule-t-il la généalogie ?
P. 28
La crédibilité limitée des tests de santé
Catherine Bourgain, Audrey Sabbagh et Mauro Turrini
Les tests génétiques liés à la santé sont en plein essor. Quelle foi leur accorder ?
P. 34
La fin du programme génétique
Thomas Heams
Le génome n’est pas le chef d’orchestre exclusif d’une cellule. Le hasard y a aussi sa part.
UN GÉNOME
SOUS INFLUENCE
P. 44
L’hérédité sans gène
Michael Skinner
Les marques épigénétiques se transmettent d’une génération à l’autre.
P. 52 Entretien
L’épigénétique, en influant sur l’expression des gènes, est un modulateur clé de l’évolution
Edith Heard et Vincent Colot
P. 58
L’homme augmenté… grâce aux microbiotes
Marc-André Selosse
Les gènes de nos microbes complètent les nôtres, assurant notre bonne santé.
P. 66
Des gènes sur mesure
Emmanuelle Charpentier et Pierre Kaldy Depuis 2012, un rêve des généticiens s’est accompli : il s’appelle CRISPR-Cas9.
P. 74 Entretien
« La fiabilité de CRISPR-Cas9 s’améliore, mais la réflexion et le débat n’ont guère progressé »
Patrick Gaudray
LES FANTÔMES DU PASSÉ
P. 80
Des architectes du génome
venus du passé
Gaël Cristofari
Vestiges des temps anciens, des transposons apportent une plasticité inouïe aux génomes.
P. 88
L’humanité racontée par ses microbes
Tara Smith
Des microorganismes constituent des archives qui éclairent notre passé, mais aussi notre futur.
P. 94
Homo sapiens, une espèce mosaïque
Silvana Condemi et Anna Degioanni Nos ancêtres se sont hybridés avec les espèces archaïques qu’ils ont rencontrées.
P. 102
Des fantômes tapis dans notre ADN
Jordana Cepelewicz
L’intelligence artificielle débusque de nouvelles branches dans l’arbre généalogique des humains.
P. 108
À lire en plus
RENDEZ-VOUS par Loïc Mangin
P. 110
Rebondissements
Corail : un problème de synchronisation • Alzheimer, entre le gris et le blanc • La vie, l’univers, le reste… et la somme des cubes • Pour une bonne santé des arbres en ville •
P. 114
Données à voir
Un arbre en direct.
P. 116
Les incontournables
Des livres, des expositions, des sites internet, des vidéos, des podcasts… à ne pas manquer.
P. 118
Spécimen
La Floride, un sacré Graal pour les pythons !
P. 120
Art & Science
Léonard de Vinci, maître géologue
Un moment de gènes
ADN (ACIDE DÉSOXYRIBONUCLÉIQUE)
Constituant essentiel des chromosomes, c’est le support moléculaire de l’information génétique. Cette molécule consiste en une double hélice dont chaque brin est une suite de nucléotides. On en distingue quatre types, différant par la molécule nommée « base azotée » qu’ils portent : adénine (A), cytosine (C), guanine (G) et thymine (T). Ces nucléotides s’apparient de façon spécifique, A et T d’une part, C et G d’autre part. L’information nécessaire, par exemple à la synthèse d’une protéine, réside dans l’ordre de succession de ces nucléotides.
ALLÈLE
Formes différentes d’un gène, dérivant les unes des autres par mutation. Pour un même gène, un organisme eucaryote possède deux allèles, identiques ou non.
ARN (ACIDE RIBONUCLÉIQUE)
Structurellement proche de l’ADN, cette molécule est copiée de la séquence d’une portion d’ADN. Ses rôles sont multiples.
CHROMOSOME
Molécule continue d’ADN constituant l’unité physique de matériel génétique. Les cellules eucaryotes (dotées d’un noyau individualisé) comportent plusieurs chromosomes, par exemple 23 paires chez les humains.
CHROMATINE
Association de l’ADN et des protéines nommées histones, plus ou moins condensée. Cet état de condensation influe sur l’expression des gènes selon que ces derniers sont accessibles à la machinerie cellulaire ou non.
CODE GÉNÉTIQUE
Correspondance entre les nucléotides et les acides aminés constituant les protéines. Chaque triplet de nucléotides (ou presque), par exemple ATT, code un acide aminé. Ce code est commun à quasiment tous les êtres vivants.
ÉPIMUTATION
Modification chimique d’un chromosome ou des protéines qui le structurent, sans altération de la séquence d’ADN.
Des marques dites « épigénétiques » – un groupe méthyle par exemple – sont ajoutées ou ôtées, ce qui module l’expression de gènes.
ÉPIGÉNOME
Ensemble des épimutations.
GÈNE
Segment d’ADN réunissant la séquence codant une protéine, et celles qui en contrôlent l’expression. C’est l’unité de transmission héréditaire de l’information génétique.
GÈNE SOUMIS À EMPREINTE PARENTALE
Chez un individu donné, un tel gène porte une marque épigénétique qui atteste qu’il provient soit de la mère de l’individu, soit de son père. Les deux copies du gène sont présentes dans le génome de l’individu, mais grâce à cette marque, seule l’une des deux s’exprimera.
GÉNOME
Ensemble du matériel génétique présent dans chacune des cellules d’un individu.
GÉNOTYPE
Ensemble des caractères génétiques d’un individu. Son expression conduit au phénotype.
HISTONE
Protéine autour de laquelle s’enroule l’ADN pour former la chromatine.
MALADIE GÉNÉTIQUE
Maladie liée à des défauts, ou mutations, d’un ou de plusieurs gènes.
MARQUEUR GÉNÉTIQUE
Séquence d’ADN particulière utilisée pour « baliser » et cartographier les chromosomes.
MUTATION
Modification, spontanée ou due à un agent chimique ou physique, des nucléotides de l’ADN, par exemple le remplacement d’un T par un G, l’élimination d’une portion… Cette altération, héréditaire, entraîne une modification durable de certains caractères.
PHÉNOTYPE
Ensemble des caractères observables d’un individu, résultant de l’interaction entre son génotype et de l’environnement.
SÉQUENÇAGE DU GÉNOME
Identification de la succession de tous les nucléotides de l’ADN d’un organisme.
L’ÉPIGÉNÉTIQUE EN BREF
L’information génétique est codée dans les chromosomes de chaque cellule par l’ADN Une couche supplémentaire d’informations est contenue dans les marques épigénétiques, tels les groupes méthyle (CH3), qui se fixent sur l’ADN et les histones, des protéines autour desquelles s’enroule l’ADN. Souvent, lorsque ces marques épigénétiques se lient à l’ADN dans les gènes ou à proximité de ceux-ci, elles en modifient l’expression.
Histone
Méthyle
Nucléotide
Modifications chimiques
QUAND UN GÈNE S’EXPRIME
Plusieurs types de gènes coexistent dans le génome. Selon le schéma classique (les flèches rouges), un gène codant une protéine est transcrit, c’est-à-dire copié (1), par l’ARN polymérase en un ARN prémessager (2) constitué de séquences codantes, les exons, et non codantes, les introns. Ces derniers sont éliminés lors de l’épissage (3), tandis que les exons sont réunis en un ARN messager mature (4). Selon les exons sélectionnés, les protéines codées sont
Gène d’ARN non codant ARN non codant
Appariement de base
distinctes. Dans le cytoplasme, l’ARN messager mature est traduit par les ribosomes (5) en une protéine (6). Cette étape requiert deux types d’ARN (les ARN ribosomaux et les ARN de transfert produits par des gènes non codants). D’autres ARN (7) non codants ont un rôle essentiel. Grâce à des appariements internes, ces ARN (8) adoptent une configuration leur conférant leurs propriétés. Par exemple, ils influent sur la transcription des gènes codant des protéines (9), sur l’épissage des ARN prémessagers (10), sur la traduction en protéines (11) et sur la stabilité des protéines (12). Par ailleurs, ils modifient la structure de la chromatine (13) et de certains ARN (14).
CYTOPLASME
AXEL KAHN
Tout est inné et tout est acquis : génétique et épigénétique
en permanence
Il y a une quinzaine d’années, au moment du premier séquençage du génome humain, on misait beaucoup sur l’identification de tous nos gènes, et l’ADN était le grand ordonnateur de la cellule…
Axel Kahn : C’est vrai, cette vision prévalait, mais uniquement chez ceux qui étaient myopes ! À cette période, j’étais notamment conseiller en investissements en biotechnologie, et mon discours était clair. Les potentialités de commercialisation et de création de valeur engendrées par le séquençage du génome étaient incroyablement faibles. C’était folie que de vouloir suivre l’inflation des coûts des sociétés placées en Bourse uniquement sur la base du séquençage du génome.
Tout n’était qu’illusion, comme il y en a toujours. Aujourd’hui, elle s’est inversée :
interagissent
BIO EXPRESS
5 SEPTEMBRE 1944
Naissance au Petit-Pressigny (37).
2002-2007
Directeur de l’institut Cochin.
2007-2011
Président de l’université Paris-Descartes.
2019
Élu à la présidence de la Ligue contre le cancer.
certains prétendent que le génome en tant que séquence génétique n’a plus aucune importance ; nous serions dans le monde du tout épigénétique. En réalité ce n’est ni l’un ni l’autre, c’est les deux à la fois, avec des interactions très subtiles entre les deux.
Pouvez-vous détailler ?
Axel Kahn : Lorsqu’il a commencé à participer au projet Génome humain, débuté en 1989, Walter Gilbert (prix Nobel en 1980) prétendait qu’on allait lire le programme de la vie. Mais cela faisait assez longtemps qu’on n’y croyait plus. Dès le début du xxie siècle, l’épigénétique commençait à être bien connue, même si elle était peut-être moins à la mode. En particulier, les modifications (phosphorylation, méthylation, ADPribosylation…) des histones, ces protéines autour desquelles s’enroule l’ADN, pour former la chromatine étaient l’objet d’études depuis très longtemps.
Moi-même je travaillais sur la régulation, et donc sur l’adaptation, des gènes du foie à l’alimentation. Il s’agit bien d’une forme de régulation non pas de la séquence, mais du niveau d’expression des gènes. Nous avions déterminé certains des mécanismes fondamentaux expliquant comment le glucose en tant que tel influe sur la transcription des gènes.
Toujours à cette époque, en 2002, étaient publiées les premières études reliant l’état de santé d’enfants à l’abondance de nourriture qu’avaient connue leurs grands-parents. On découvrait une forme d’hérédité sans gène.
Le paradigme reste darwinien. Il explique les éléments fondamentaux de l’évolution, même s’il doit être affiné. Évidemment, les gènes sont présents et agissent en tant de ce qu’ils sont, de ce que leur séquence code. Mais ils sont aussi contrôlés, à court ou à long terme par tous les mécanismes épigénétiques. Et cette régulation épigénétique est la manifestation de l’environnement.
Les progrès concernent avant tout la perpétuation des empreintes liées à l’épigénétique sur quelques générations. Rappelons néanmoins que seules les modifications génétiques se transmettent sur toutes les générations. Ensuite, nous connaissons mieux le dialogue entre ces deux versants, même si on l’avait déjà rencontré avec le système SOS des bactéries. Dans des circonstances nocives, comme un manque de nourriture, ou des rayons ionisants… un mécanisme se déclenche et crée une hypermutabilité qui augmente la diversité génétique et par conséquent les chances que, par hasard, une forme résistante à ces conditions adverses apparaisse et soit sélectionnée.
Vous êtes depuis juin le président de la Ligue contre le cancer. Dans ce type de maladie, l’épigénétique intervient également.
Axel Kahn : Certes, mais là encore, le paradigme n’a pas changé : le cancer est toujours dû à des mutations somatiques. À ma connaissance, des modifications du seul niveau d’expression des gènes sont incapables de provoquer un cancer. Il naît de conditions particulières (rayons ionisants, pollution, inflammation…) qui, comme dans le système SOS, créent une hypermutabilité augmentant naturellement le risque que parmi les cellules aux phénotypes différents engendrés, au hasard, il y en ait une qui soit plus proliférative et invasive que ses voisines. Et c’est le cancer.
Le hasard explique
qu’en présence de mutations cancérigènes, certains vont développer la maladie et d’autres non
Cela étant dit, dans les différents processus moléculaires mis en jeu, des modifications « de quantité » interviennent, sur les niveaux d’expression des gènes, et l’on peut donc dire que l’épigenèse intervient dans la cancérogenèse. Il n’empêche, aucun processus tumoral ne se déclenche sans une mutation génique conférant un avantage sélectif à la cellule.
Une autre découverte qui a fait un peu vaciller le déterminisme de l’ADN est celle de l’intervention du hasard dans l’expression des gènes. A-t-il un rôle dans le cancer ?
Axel Kahn : Il est central dans l’apparition et l’évolution des cancers. Il explique par exemple qu’en présence de mutations potentiellement cancérigènes, certains individus vont effectivement développer la maladie et d’autres non. Des mutations dans les gènes BRCA 1 ou BRCA 2 ont une forte probabilité de provoquer des cancers du sein, mais curieusement environ 20 % des femmes porteuses d’une telle mutation ne seront pas malades. En d’autres termes, la mutation potentialise la cellule sans déclencher automatiquement une tumorogenèse. La mutation ne fait qu’augmenter la fréquence d’un phénomène.
Cela nous renvoie de nouveau au système SOS, car la mutation implique soit des mécanismes de réparation de l’ADN trop faibles, soit une hypermutabilité plus prononcée. L’aléatoire se niche là. De nombreux cancers, notamment le syndrome de Lynch, (un cancer du colon familial) sont liés à des anomalies dans les mécanismes de réparation.
Selon une étude récente, nous sommes tous des mosaïques, hébergeant différents « clones » tous plus ou moins engagés dans la voie de la cancérogenèse. Est-ce lié ?
Axel Kahn : Oui, bien sûr. Et on peut relier ce résultat à l’un des progrès importants en thérapeutique : l’immunothérapie. Nos cellules mutent très souvent. Elles
sont le plus souvent réparées, mais pas toujours. Parfois, le bel équilibre de ces cellules est rompu, elles sont défavorisées et éliminées. Et de façon exceptionnelle, une cellule peut s’en trouver avantagée au point de vue de la prolifération, et c’est le cancer.
Dans ce cas, les mutations (il y en a toujours plusieurs) se traduisent par des protéines codées différentes. La cellule cancéreuse est alors étrange, sinon étrangère, et la grande question qui s’est posée est la suivante : pour quelle raison notre système immunitaire, d’ordinaire si ardent à éliminer les cellules étrangères, ne cible-t-il pas ces cellules anormales ? On le sait désormais. Par des mécanismes de sélection darwinienne, la cellule cancéreuse est capable d’inactiver les cellules immunitaires afin de n’être pas détruite.
L’immunothérapie consiste à lever l’inhibition du système immunitaire par les cellules cancéreuses. Les lymphocytes T retrouvent toute leur activité cytolytique et s’attaquent aux cellules cancéreuses. Hélas, pas uniquement, ce qui explique les effets secondaires importants parfois rencontrés.
Cette étude ouvre aussi des pistes en termes de diagnostic et de prévention, par exemple en repérant de façon très précoce des clones prétumoraux ?
Axel Kahn : Oui, c’est une voie pour compléter les outils dont on dispose aujourd’hui, à commencer par les études génétiques. Beaucoup de travaux portent sur les ADN circulants, des fragments d’ADN libérés dans le sang par les cellules déjà engagées dans la voie du cancer.
Restons dans le domaine du diagnostic. Jusqu’où peut-on avoir confiance dans les tests de prédisposition des risques liés à la santé, et surtout au cancer ?
Axel Kahn : Tout dépend du cancer. Une mutation impliquée dans une polypose colique familiale conduit dans 100 %
LA FIN DE L’ADN TOUTPUISSANT
On a longtemps pensé – et c’est encore enseigné dans les manuels scolaires – que l’ADN était le grand ordonnateur, le chef d’orchestre de nos cellules et le support de notre identité. Il n’en est rien. D’abord, la vision déterministe de l’expression des gènes est devenue obsolète, au profit d’un nouveau modèle où le hasard tient une place importante. Ensuite, notre génome n’est pas le détenteur omniscient de ce que nous sommes. Il recèle certes des indices sur notre passé, notre famille par exemple, et notre futur, comme le possible déclenchement de maladies, mais il est loin d’être infaillible, pour une raison essentielle : il doit composer avec l’environnement et ses nombreuses interactions.
L’ESSENTIEL
La génétique n’est pas suffisante pour expliquer dans le détail nos caractères, en particulier ceux qui relèvent du comportement.
L’opposition entre inné et acquis est infondée et l’on doit prendre en compte les interactions du milieu avec les gènes.
Pour faire la part des choses, on peut utiliser l’indice d’héritabilité.
On doit cependant veiller à ce que ce concept ne soit pas détourné : il s’applique à une population, pas à un individu. L’oublier pourrait conduire nos sociétés dans une mauvaise direction.
LES AUTEURS
LUC-ALAIN GIRALDEAU est directeur général de l’Institut national de la recherche scientifique (INRS) au Canada.
DENIS RÉALE est professeur au département des sciences biologiques à l’université du Québec, à Montréal.
Inné ou acquis ? Une question obsolète
Depuis l’Antiquité, on oppose l’inné à l’acquis. Et c’est encore le cas aujourd’hui dans les débats sur l’identité sexuelle, les tendances criminelles… C’est faire fi des interactions entre gènes et environnement.
Vous ressemblez à votre père ? Votre fille est le portrait craché de votre belle-mère ? Rien de bien surprenant, tant on admet facilement que les traits anatomiques ou physiologiques soient génétiques. Peu contesteront le caractère héréditaire des ressemblances physionomiques entre les membres d’une même famille. En revanche, plusieurs refusent l’idée que les
comportements puissent, d’une manière ou d’une autre, relever d’un simple coup de dé génétique. Émerge alors la confrontation binaire entre l’inné et l’acquis.
Cette opposition a-t-elle vraiment un sens ? Nous pensons en fait qu’elle est insoluble. Elle est dénuée de tout fondement scientifique, car elle néglige les interactions entre les gènes et le milieu. Elle est pourtant ancrée de longue date dans notre vision du monde.
UN VIEUX DÉBAT
De fait, le débat opposant l’inné à l’acquis remonte à l’Antiquité et s’est poursuivi au xx e siècle entre les éthologues européens tenants de l’instinct, et les psychologues américains adeptes du béhaviorisme. La controverse
Les infinies nuances des couleurs de la peau ne peuvent s’expliquer sur la seule base de l’étude des gènes. Le milieu intervient aussi. >
Inné
LES AUTEURS
CATHERINE
BOURGAIN est généticienne à l’Inserm et directrice du Cermes3, à Paris.
AUDREY SABBAGH est généticienne des populations à l’université Paris Descartes.
MAURO TURRINI est sociologue à l’université de Nantes.
L’ESSENTIEL
Avec l’avènement du séquençage massif du génome, nombre d’entreprises proposent à tout un chacun de déterminer ses origines.
Toutefois, si lire la séquence d’un génome humain ne pose pas de difficulté, son interprétation reste très complexe.
Elle dépend notamment des bases de données auxquelles on compare le génome et des parties du génome que l’on examine.
L’ADN, un livre ouvert sur vos origines ?
Crachez dans un tube, envoyez-le au laboratoire, et vous saurez tout de votre famille, de vos ancêtres, de la région d’où vous venez… Ces tests sont-ils crédibles ? Jusqu’où le génome récapitule-t-il la généalogie ?
En 2010, sans hésiter, Joe Pickrell, un jeune généticien américain, rend publiques les analyses de son génome par la société 23andMe. Il sait que ses données ne révèlent rien de surprenant. Aucun risque particulier de développer une maladie grave n’est signalé. L’analyse génétique confirme qu’il a bien les yeux bleus et que ses ancêtres viennent du
nord de l’Europe. Toutefois, dans les heures qui suivent, Dienekes Pontikos, un autre généticien analyse les mêmes données avec un logiciel de sa conception pour reconstituer les origines des personnes. Conclusion : si 80 % des ancêtres de Joe Pickrell viennent bien du nord de l’Europe… 20 % sont juifs ashkénazes. Surpris, ce dernier essaye de comprendre pourquoi le logiciel de Dienekes Pontikos se trompe. Mais une discussion avec sa famille lui apprend que l’erreur vient de son côté. Un de ses arrière-grands-parents, arrivé aux États-Unis au début du xx e siècle, était bien un juif ashkénaze. Cette histoire annonçait une longue série d’expériences vécues par des utilisateurs de tests génétiques en accès libre sur internet, qu’il s’agisse de la recherche d’un père biologique ou de la découverte fortuite d’une fausse
paternité, ou encore d’un échange de bébés à la naissance. De fait, en quelques années, le marché de ce type de tests génétiques a explosé et s’est transformé en phénomène de société.
L’ADN SUPPORT DE L’IDENTITÉ ?
Toutefois, ce succès grandissant a suscité nombre d’interrogations et d’inquiétudes. Par quelle magie moderne ces tests nous révèlent-ils des informations si précieuses sur nos proches et lointains ancêtres ?
L’analyse des informations contenues dans notre ADN permet-elle réellement d’inférer de façon précise et fiable nos origines ethniques et géographiques ? Existe-t-il vraiment un marqueur génétique de l’ethnie ?
L’ADN peut-il définir notre identité ? Bref, dans quelle mesure peut-on faire confiance aux tests génétiques en accès libre ?
En 2018, la Société internationale de généalogie génétique (Isogg) a recensé trente-neuf entreprises dans le monde qui fournissent des tests génétiques d’ancestralité directement aux consommateurs. Si la grande majorité d’entre elles sont localisées sur le territoire nordaméricain, un nombre croissant d’entreprises fleurissent en Europe et au Moyen-Orient, et certaines commencent à s’implanter en Asie et en Amérique du Sud.
La vente de ces tests a décollé en 2013 et connaît une croissance exponentielle depuis 2016. En avril 2018, plus de 15 millions de personnes avaient déjà envoyé leurs échantillons d’ADN pour analyse, soit 15 fois plus qu’en 2013, selon la généalogiste américaine Leah Larkin, autrice du blog The DNA Geek, qui a rassemblé les données de cinq entreprises phares du secteur, AncestryDNA, 23andMe, >
L’ESSENTIEL
Plusieurs entreprises proposent de déterminer les risques de développer telle ou telle maladie.
Cependant, ces tests sont souvent pratiqués sans encadrement par des professionnels de la santé.
En outre, ces tests ne tiennent pas compte de la complexité de
certaines maladies pour lesquelles des facteurs environnementaux interviennent.
Les bases de données privées constituées par les entreprises du secteur représentent pour elles une mine d’or.
En France, l’encadrement de ces tests liés à la santé est plus rigoureux.
LES AUTEURS
CATHERINE BOURGAIN est généticienne à l’Inserm et directrice du Cermes3, à Paris.
AUDREY SABBAGH est généticienne des populations à l’université Paris Descartes.
La crédibilité limitée des tests de santé
Les tests génétiques liés à la santé sont en plein essor. Ils promettent de révéler les risques de développer telle ou telle maladie. Quelle foi leur accorder ?
En mai 2013, l’actrice américaine Angelina Jolie a annoncé avoir subi une double mastectomie préventive à la suite du décès précoce de sa mère par cancer et de la détection dans son génome d’une mutation du gène BRCA1. Son risque de développer un cancer du sein s’élevait à 87 %. Par cette annonce, la star a incité nombre de femmes dans le monde à effectuer un dépistage similaire. Aux États-Unis, où le recours à ce test est beaucoup moins encadré par les professionnels experts qu’en France du fait de son accès libre, la presse se fait
MAURO TURRINI est sociologue à l’université de Nantes.
régulièrement écho de femmes qui, comme la jeune Elisha Cooke-Moore en 2016, ont choisi de se faire retirer les seins et les ovaires de façon préventive après un test génétique. Le problème est que beaucoup ont découvert par la suite que leur risque de cancer était en réalité très incertain…
Ces exemples illustrent les risques liés aux tests génétiques concernant la santé. Ils sont très en vogue depuis la fin des années 2000 quand le coût du séquençage est devenu moins prohibitif. Et dès cette époque des contestations ont commencé à s’élever. Les critiques émanaient notamment de médecins, de généticiens et de responsables d’agences chargées de la régulation des dispositifs de santé. Comment fonctionnent ces tests ?
Depuis le début des années 2000, les chercheurs qui s’intéressent aux mécanismes biologiques conduisant certaines personnes à développer une maladie complexe, comme le diabète ou l’infarctus du myocarde, utilisent une approche nommée GWAS (pour genome wide association study, ou « étude d’association sur le génome entier »). Il s’agit de constituer de grands groupes de patients atteints de la même maladie et d’aussi grands groupes d’individus sains. Tous
En 2013, Angelina Jolie s’est vu détecter une mutation du gène BRCA1 qui augmente son risque de développer un cancer du sein, maladie qui avait emporté précocement sa mère. Elle a réagi en recourant à l’ablation de ses seins. Dans quelle mesure a-t-elle eu raison ?
L’ESSENTIEL
La biologie enseigne que les gènes s’expriment dès lors que des protéines les activent.
Or l’expression des gènes est souvent aléatoire : pour un même gène, elle varie d’une cellule à l’autre et au cours du temps
La première cause de l’expression aléatoire est la quantité de facteurs de transcription disponibles pour « lire » un gène.
Une autre cause est spatiale : l’ADN est organisé de telle façon que l’activation d’un même gène est plus ou moins probable.
L’AUTEUR
THOMAS HEAMS est maître de conférences à AgroParisTech à Paris et chercheur à l’Inra dans l’unité Génétique animale et biologie intégrative (Gabi), à Jouy-en-Josas.
La fin du programme génétique
Le génome n’est pas le chef d’orchestre exclusif du fonctionnement d’une cellule et de l’expression de ses gènes. Le hasard y a
aussi sa part.
Dans toutes les universités du monde, les professeurs de biologie enseignent le même grand principe où le déterminisme est roi : les cellules obéissent à un programme inscrit dans le génome, l’ensemble des gènes localisés dans l’ADN du noyau cellulaire. Ce programme génétique est le chorégraphe d’un ballet
bien réglé, où chaque cellule et chaque molécule contribuent au bon fonctionnement de l’organisme entier. En particulier, chaque gène s’exprime, c’est-à-dire transmet un message, par l’intermédiaire de protéines qui se fixent sur l’ADN. Si l’une d’elles est présente en quantité suffisante, le gène qu’elle contrôle est activé ou réprimé. Cette description strictement déterministe ne reflète qu’une partie de la réalité.
Des expériences récentes ont confirmé des intuitions théoriques vieilles de plusieurs décennies : l’expression des gènes (voir les Repères, page 6) est souvent aléatoire : elle n’est pas la même, à un instant donné, dans des cellules dotées des mêmes gènes, ni au cours du temps dans une cellule particulière. En d’autres termes, loin d’être rigoureusement programmée, l’expression des gènes obéit à des lois de probabilité. Et cela change tout.
Avec une expression déterministe, l’existence de gènes impose un ensemble de
>
Des variations aléatoires à chaque division cellulaire dans les profils épigénétiques des cellules expliqueraient en partie pourquoi deux vrais jumeaux n’ont pas exactement les mêmes caractéristiques physiques.
UN GÉNOME SOUS INFLUENCE
Notre génome n’est pas enfermé dans une tour d’ivoire d’où il régenterait le fonctionnement de la cellule et donc de notre organisme. Bien au contraire, il est soumis à des aléas venus de l’extérieur. D’abord, ceux de l’environnement, notamment la pollution, qui imprime ses marques sur l’ADN et influe sur son fonctionnement : c’est l’épigénétique. Nous recevons aussi le renfort de nos microbiotes dont les gènes, trente fois plus nombreux que les nôtres, nous sont devenus au cours de l’évolution indispensables. Enfin, l’ADN n’a jamais été aussi vulnérable et malléable que depuis l’avènement de CRISPR-Cas9, cet outil rendant possible n’importe quelle manipulation génétique, avec une facilité déconcertante.
L’hérédité sans gène
L’expression des gènes varie au gré de modifications des chromosomes, indépendamment des séquences d’ADN. Ces marques dites épigénétiques, sensibles à l’environnement et aux polluants, se transmettent d’une génération à l’autre.
L’ESSENTIEL
L’expression des gènes est régulée par des facteurs dits épigénétiques – des marques biochimiques sur les chromosomes qui laissent inchangée la séquence d’ADN
La plupart de ces marques sont réinitialisées peu après la fécondation.
L’environnement (polluants, stress, alimentation…) introduit parfois des erreurs épigénétiques et modifie ainsi le comportement des cellules.
Certaines de ces erreurs sont transmises aux descendants.
L’AUTEUR
MICHAEL SKINNER est professeur de biologie à l’université d’État de Washington, aux États-Unis.
Lorsque mes enfants sont nés, il y a un peu plus de trente ans, je savais qu’à peu près la moitié de leur ADN était un héritage du mien. À l’époque, on pensait qu’il n’existait qu’une seule voie de transmission des informations biologiques héritables des parents aux enfants, du moins chez les humains et autres mammifères : le transfert de l’ADN du spermatozoïde et de l’ovule à l’embryon.
Bien sûr, on savait que l’ADN n’est pas tout. Si de nombreux traits y sont inscrits sous la forme de gènes codants – des séquences qui déterminent la forme et la fonction des protéines –, ce que nous absorbons compte aussi. Les conditions de vie, l’alimentation, la pollution, le stress… influent sur le fonctionnement des gènes. Par exemple, on invoque souvent les facteurs sociaux et environnementaux pour expliquer pourquoi de vrais jumeaux souffrent parfois de maladies différentes, malgré un patrimoine génétique très similaire.
séquences d’ADN. Ses vecteurs sont divers, incluant de petites molécules biochimiques qui se fixent sur l’ADN et les protéines composant les chromosomes.
Cette information épigénétique est sensible à l’environnement. De fait, certains polluants, notamment des produits chimiques agricoles, le kérosène et même certains plastiques, sont en mesure d’entraîner des aberrations épigénétiques. Et ces anomalies peuvent se traduire en maladies et problèmes de fertilité, sans que la séquence d’ADN soit modifiée. Plus étonnant, de telles « épimutations » sont parfois transmises aux générations suivantes – avec des éventuels risques pour leur santé. Les implications en santé publique sont considérables. La forte progression de l’obésité, du diabète et d’autres maladies chez les enfants du baby-boom et les plus jeunes générations serait liée, en partie, à l’exposition de leurs parents et de leurs grands-parents à des polluants tels que la dioxine et le DDT
LA MATIÈRE NOIRE DU GÉNOME
Ce que l’on ignorait, c’est qu’on lègue à ses descendants bien plus qu’un code d’ADN. Nos enfants, mais aussi leurs enfants et petits-enfants, pourraient hériter d’une information dite épigénétique. Comme l’information génétique portée par l’ADN, l’information épigénétique est contenue dans les chromosomes et régule le fonctionnement des cellules. Mais il ne s’agit pas de
Les effets épigénétiques sont connus depuis quelque temps, mais l’étendue de leur rôle n’est apparue que récemment. Il y a plusieurs dizaines d’années, des biologistes ont remarqué que des groupes méthyle (CH3) sont attachés à l’ADN en de nombreuses positions (voir l’encadré page 48). Chez les mammifères, dont l’homme, cette modification se rencontre souvent aux endroits où la lettre C du code génétique (la cytosine) précède la lettre G (la guanine) – une configuration que l’on retrouve environ 28 millions de fois dans l’ADN humain. On a tout d’abord cru que la fonction principale de cette méthylation de l’ADN était de réprimer les transposons – des fragments d’ADN capables de se déplacer dans le génome, provoquant parfois des maladies. Aujourd’hui, nous savons que la méthylation contribue aussi à la régulation de l’activité des gènes et qu’elle est perturbée dans de nombreuses maladies, dont les cancers.
Des mutations d’ordre épigénétique, c’est-à-dire laissant inchangée la séquence d’ADN, peuvent-elles se transmettre d’une génération à l’autre, le long de l’arbre généalogique ? >
L’ESSENTIEL
Notre corps abrite plusieurs microbiotes (intestin, peau…) qui recèlent 30 fois plus de gènes que nos propres cellules.
Ce sont autant de fonctions supplémentaires qui nous sont désormais indispensables.
Le bon fonctionnement de notre digestion, de notre
immunité et même de notre cerveau dépend de l’activité de ces microbes.
Par notre hygiène poussée à l’extrême et nos modes de vie modernes, nous avons tendance à oublier ces alliés et par là même, à nuire à notre santé.
L’AUTEUR
MARC-ANDRÉ SELOSSE est professeur du Muséum national d’histoire naturelle, professeur aux universités de Gdansk (Pologne) et Kunming (Chine), membre de l’Académie d’agriculture de France.
L’homme augmenté… grâce aux microbiotes
Nous ne sommes jamais seuls avec les nombreux microbes que nous hébergeons.
Une promiscuité vitale :
leurs gènes prolongent et complètent les nôtres, assurant notre bonne santé.
Les marathoniens impressionnent par leurs exploits : courir 42,195 kilomètres en environ, pour les meilleurs, deux heures. Mais ils bénéficient peut-être d’un dopage d’un genre particulier. En effet, une équipe de l’École de médecine de l’université Harvard a récemment montré que des bactéries du genre Veillonella se multiplient dans l’intestin des marathoniens
durant l’effort. Inoculées à des souris, ces bactéries isolées des selles de marathoniens améliorent l’endurance des rongeurs dans des tests de courses. Quels mécanismes sont en jeu ? Les Veillonella utilisent l’acide lactique produit pendant l’effort et libéré dans l’intestin, puis le transforment en propionate, un composé qui repasse dans le sang et aide à l’effort ! Cette anecdote cache un océan de fonctions humaines dépendantes des microbiotes, c’està-dire les communautés de bactéries et de levures qui habitent notre organisme. Il faut se représenter quelle formidable « boîte à outils » ils nous offrent. Nous comptons autant de cellules microbiennes que de cellules humaines (100 000 milliards) ! De 5 à 100 fois moins volumineux que nos cellules, les microorganismes représentent moins de un kilogramme… Ils sont pour l’essentiel intestinaux, mais, on l’oublie souvent, aussi sur la peau et dans diverses cavités de notre organisme. Nous hébergeons de 500 à 1 000 espèces
Les marathoniens sont dopés par… leur microbiote dont les gènes améliorent leurs performances.
L’ESSENTIEL
En s’inspirant d’un mécanisme de défense bactérien, des biologistes ont mis au point un outil pour modifier avec précision l’ADN de n’importe quelle cellule.
Seuls deux ingrédients sont nécessaires pour couper l’ADN à l’endroit voulu : une enzyme, Cas9, et un petit ARN spécifique de la séquence à modifier.
Recherche fondamentale, thérapie génique, agriculture, cette technique ouvre des horizons dans de nombreux domaines.
LES AUTEURS
EMMANUELLE CHARPENTIER est professeure à l’université d’Umeå, en Suède, et à l’école de médecine de Hanovre, en Allemagne, et dirige le département Régulation en biologie de l’infection au centre de recherche sur l’infection Helmholtz, à Braunschweig en Allemagne.
PIERRE KALDY est journaliste scientifique.
Des gènes sur mesure
Depuis 2012, un rêve des généticiens s’est accompli : grâce à CRISPR-Cas9, un système de défense bactérien, ils peuvent modifier à volonté, et in vivo, le patrimoine génétique des organismes vivants.
Des bactéries peuvent-elles être vaccinées ? Cette question étonnante est importante pour l’industrie agroalimentaire, grande consommatrice de bactéries (pour faire du fromage, du yaourt...). Or les virus de bactéries – les bactériophages – sont nombreux, et beaucoup peuvent compromettre la production d’une usine en infectant et tuant les souches bactériennes utilisées. Le problème est donc
sérieux. Et plus encore depuis que sa résolution a conduit à la mise au point d’un outil qui a changé la face de la génétique. Son nom ? CRISPR-Cas9.
Jusqu’à récemment, les chercheurs étaient assez démunis pour agir directement sur la séquence d’ADN, cette longue molécule qui code le développement et le fonctionnement des cellules et des organismes. C’était d’autant plus frustrant que, grâce aux progrès fulgurants du séquençage des génomes, le patrimoine génétique de dizaines d’espèces animales et végétales avait été décrypté. Mais pour obtenir une souris portant une mutation responsable d’une maladie génétique humaine, par exemple, il fallait des mois, voire des années.
La situation a radicalement changé avec CRISPR-Cas9 : le délai est désormais de seulement quelques semaines. Et les manipulations nécessaires, beaucoup moins fastidieuses. Pour la première fois, un accès direct, facile et précis à l’ADN contenu dans les cellules vivantes devenait accessible à un grand nombre de
PATRICK GAUDRAY
La fiabilité de CRISPR-Cas9 s’améliore, mais la réflexion et le débat n’ont guère progressé
« «BIO EXPRESS
En quelques mots, comment définiriez-vous le système
CRISPR-Cas9 ?
Patrick Gaudray : Mis en évidence chez la bactérie et adapté pour qu’il soit transposable à toute espèce, le système CRISPR-Cas9 permet de modifier une ou plusieurs régions précises du génome de n’importe quelle cellule (voir Des gènes sur mesure, par E. Charpentier, page 66) . Partout dans le monde, des équipes s’emparent de ce nouvel outil et explorent ses possibilités sur des plantes et des animaux toujours plus nombreux.
1951
Naissance, à Rouen.
1990
Directeur de recherche au CNRS.
2007
Membre du Comité consultatif national d’éthique.
JUILLET 2019
Publie Quand la santé fait parler l’ADN… Les promesses et les enjeux éthiques d’une nouvelle révolution médicale, Symbiose.
Récemment, cette technique a défrayé la chronique, et suscité un tollé mondial, lorsque He Jiankui, généticien à l’université des sciences de Shenzhen, en Chine, a prétendu avoir contribué à la naissance des premiers bébés au monde (des jumelles) dont le génome a été modifié grâce à CRISPR-Cas9. Il aurait fécondé une femme avec des embryons génétiquement modifiés de façon à ce que la voie moléculaire utilisée par le virus du sida pour infecter les cellules soit désactivée. Le pionnier dans ce domaine était déjà chinois. En 2015, Junjiu Huang, de l’université Sun Yat-Sen, à Guangzhou, avait le premier utilisé CRISPR-Cas9 sur des embryons humains.
Cette technique est-elle sûre ?
Patrick Gaudray : En biologie, rien n’est sûr à 100 %. Cette technique présente des risques, comme toute technique. Même si les chercheurs perfectionnent leurs protocoles pour limiter les erreurs, il y aura toujours un risque de créer des mutations dans d’autres endroits du génome, de perturber les interactions du génome avec l’environnement ou d’altérer involontairement des fonctions biologiques. Mais si on se limite à la question « Y a-t-il un risque ? Est-il équilibré par un bénéfice attendu plus important ? », on ne va pas bien loin dans la réflexion éthique.
Lorsque Alain Fisher a lancé en 2000 la thérapie génique sur les enfants-bulles à l’hôpital Necker, il savait qu’il y avait un risque. Ce risque a été évalué par de nombreuses personnes qui ont donné des autorisations pour que les expérimentations puissent être faites, et puis il y a eu des problèmes. Sur neuf enfants traités, quatre ont eu une leucémie. Mais les problèmes ont été identifiés, et l’approche a été améliorée et étendue à d’autres maladies. Quelle est la bonne réponse dans ce cas-là ? Fallait-il ne rien tenter à cause du risque ?
Au-delà du débat bénéfices-risques, où commence vraiment la réflexion éthique sur CRISPR-Cas9 ?
Patrick Gaudray : CRISPR-Cas9 est un outil extraordinaire qui doit être utilisé, cela ne fait aucun doute. La vraie question est : dans quel contexte ? Il en est un sur lequel nous pouvons nous mettre d’accord : il faut profiter de cette technique dans la recherche fondamen -
tale, qui permet l’acquisition de connaissances nouvelles et qui nous enrichit intellectuellement. Contrairement à certains, je ne pense pas qu’il y ait de tabous dans la connaissance. La technologie CRISPR- Cas9 permet d’accélérer et d’améliorer notre connaissance des mécanismes vivants. Les risques de la technique eux-mêmes peuvent être étudiés pour améliorer la connaissance, notamment sur son fonctionnement. Ensuite, dans certains cas, on peut envisager des applications, notamment sur l’homme. Mais là commencent les problèmes.
Dans le cas des embryons humains, il est difficile de ne pas imaginer les applications potentielles, thérapeutiques, mais aussi eugénistes. Faut-il proscrire ces recherches, possibles en Chine et aux États-Unis ?
Patrick Gaudray : Dès le départ, on a fait des procès d’intention à l’équipe de Junjiu Huang, qui a testé CRISPR-Cas9 sur des embryons humains. Son article, pourtant, n’engage pas à grand-chose. Les expériences ont été faites in vitro , sur des embryons non viables. Elles ont d’ailleurs montré que l’outil CRISPRCas9 est, dans l’utilisation faite ici, beaucoup moins performant qu’on ne le pensait. Le ciblage et la modification du gène ciblé n’ont pas été aussi efficaces qu’espéré. Le protocole était loin d’être idéal, mais en l’améliorant, on pourrait mieux comprendre ce qui se passe quand on modifie un embryon humain.
Il y avait certes une part de provocation dans cette publication, mais
l’équipe de Junjiu Huang avait le mérite de vouloir faire de la recherche fondamentale. Ce n’est pas avec un procès d’intention qu’on fera avancer ni la réflexion éthique ni la science. Les barrières ne sont d’ailleurs pas forcément mises au bon endroit.
En France, l’expérimentation sur les embryons humains est interdite, mais il sera bientôt possible de transformer des cellules somatiques (non reproductrices) en cellules germinales (reproductrices) en les reprogrammant. Peuton donc tout faire avec des cellules parce qu’elles ne sont pas, au départ, reproductrices ? La réflexion éthique doit être vigilante et pertinente, sans être un frein aux avancées scientifiques, une réflexion de valeur, utile et fondée afin que les développements technologiques ne soient pas mis en application dans n’importe quelles conditions.
Dans quels cas particuliers serait-il éthiquement acceptable de modifier des embryons humains ?
Patrick Gaudray : La réponse ne peut être que le fruit d’un débat. Est-il éthiquement admissible de modifier des embryons ? Certains, tel le comité d’éthique britannique – l’Autorité britannique sur la fécondation humaine et l’embryologie (HFEA) –, soutiennent que non. Pourtant, l’organisme a quand même émis un avis, aujourd’hui décliné dans la loi anglaise, qui permet, pour résoudre des problèmes médicaux correspondant à des maladies mitochondriales, de faire un transfert de mitochondries. Les mitochondries sont des petites structures cellulaires contenant de l’ADN. L’ADN mitochondrial de l’embryon provient intégralement de l’ovule, donc de la mère. Pour la HFEA, quand on change l’ADN mitochondrial, on ne modifie pas génétiquement l’embryon ni le patrimoine génétique des générations futures, alors qu’objectivement c’est ce qui est fait. On ignore encore tellement de choses sur les relations fonctionnelles entre l’ADN mitochondrial et l’ADN nucléaire ! La HFEA a considéré que le problème médical à résoudre était le plus important, mais on peut ne pas être d’accord.
En fait, dès qu’on commence à vouloir toucher au patrimoine génétique d’espèces vivantes, la question se pose. Et peut-être plus encore avec CRISPRCas9 qui, par exemple, permet de modifier les plantes en laissant peu ou pas de traces, contrairement à la transgenèse >
LES FANTÔMES DU PASSÉ
Notre ADN est une maison hantée ouverte aux quatre vents, une sorte d’auberge espagnole où cohabitent des spectres de diverses natures. Ainsi, dans un lointain passé, des virus ont abandonné leur patrimoine génétique dans celui de notre espèce, et y survivent en mode « zombie ». Ne les craignez pas, nous leur devons étonnamment beaucoup ! Autres spectres, les empreintes des rencontres de nos ancêtres avec des cousins d’autres espèces. Certaines sont connues, comme les Néandertaliens, d’autres, inconnues dans le registre fossile, ne sont révélées que par l’intelligence artificielle. Une chose est sûre, il y a foule dans le noyau de nos cellules.
L’ESSENTIEL
Plus de 40 % de notre ADN est constitué d’éléments génétiques mobiles, des transposons, contre seulement 3 % pour les parties codantes de nos gènes.
Parmi ces transposons, dont certains sont les vestiges d’anciens virus, beaucoup se multiplient et se dispersent selon un mécanisme de « copier-coller ».
Ce faisant, ils modifient en profondeur le fonctionnement des gènes et créent de nouveaux réseaux de régulation géniques.
Les conséquences sont parfois délétères, mais c’est aussi à de tels événements que l’on doit l’apparition de l’immunité innée, du placenta, de la plasticité synaptique…
L’AUTEUR
GAËL CRISTOFARI dirige l’équipe Rétrotransposons et plasticité du génome, à l’Ircan (CNRS Inserm, université Côte d’Azur), à Nice.
Des architectes du génome venus du passé
Vestiges des temps anciens, les rétrotransposons sont des fragments d’ADN mobiles, parfois d’origine virale. Ces « gènes sauteurs » apportent une plasticité inouïe aux génomes des êtres vivants, bien au-delà des simples mutations.
Le 14 avril 2003, était annoncé l’achèvement du projet génome humain : on disposait enfin du séquençage complet de l’ADN de notre espèce. À la joie de l’exploit accompli succéda bien vite l’incompréhension : la partie codante des gènes (les exons), celle qui est
traduite en protéines représente seulement quelques pourcents de notre ADN. En quoi consiste le reste de notre génome ? La vaste majorité de nos chromosomes est en fait constituée de séquences hautement répétées et dispersées : des transposons. Nos chromosomes sont un océan de tels transposons où émergent quelques îlots d’exons perdus. Ces transposons, aussi surnommés éléments génétiques mobiles, éléments transposables ou gènes sauteurs, sont des fragments d’ADN capables de se répliquer et de se disperser dans les chromosomes, grâce à une machinerie moléculaire spécialisée, souvent codée par l’élément lui-même. Quel est leur rôle ? Vestiges d’un passé pouvant être lointain, parfois en franchissant les barrières interespèces, ils ont acquis des fonctions pour certaines essentielles, par exemple en rendant possible la formation du placenta. Cependant, il arrive aussi que les transposons sèment le trouble dans nos cellules
Les fantômes du passé
Le placenta, et donc l’installation du fœtus dans l’utérus, est le produit de l’expression de gènes particuliers que l’espèce humaine doit à des rétrovirus endogènes domestiqués au cours de l’évolution.
L’ESSENTIEL
L’espèce humaine partage son histoire avec les microorganismes qui l’ont accompagnée depuis son apparition.
En analysant le génome de ces bactéries, notamment celle du microbiote intestinal, on peut retracer certaines des grandes étapes de cette histoire commune.
Par exemple, la bactérie Helicobacter pylori aide à reconstituer les grandes migrations humaines depuis la sortie d’Afrique.
On identifie également les conditions dans lesquelles certaines maladies peuvent apparaître.
L’AUTRICE
TARA SMITH est professeuse d’épidémiologie à l’université d’État de Kent, dans l’Ohio, aux États-Unis.
L’humanité racontée par ses microbes
Parce qu’ils ont accompagné les êtres humains tout au long de leur évolution, les microorganismes constituent des archives qui éclairent notre passé, mais aussi notre futur.
L’humanité
L’ESSENTIEL
Le séquençage de l’ADN de divers fossiles a précisé l’histoire des lignées humaines.
L’homme moderne et Néandertal auraient eu un frère, l’homme de Denisova, qui vivait en Asie. Il est encore présent génétiquement chez les habitants du Sud-Est asiatique.
Le génome de l’homme moderne contient de 1 à 6 % de gènes d’origine néandertalienne et dénisovienne.
Plusieurs gènes des humains archaïques ont été favorables au succès d’Homo sapiens.
SILVANA CONDEMI paléoanthropologue, dans l’unité Anthropologie bioculturelle, droit, éthique & santé (ADÈS, AMU-CNRS-EFS), à l’université d’Aix-Marseille.
Homo sapiens, une espèce mosaïque
L’étude du génome humain et de plusieurs fossiles montre que nos ancêtres se sont hybridés à diverses reprises avec les espèces humaines archaïques qu’ils ont rencontrées. Nous devons beaucoup à ces métissages.
Homo sapiens, d’origine africaine, aurait quitté le continent et remplacé implacablement tous les humains archaïques qu’il a rencontré jusqu’à rester le seul représentant du genre. Ce scénario d’une conquête irrépressible et « sans pitié » a longtemps prévalu : la génétique l’a rendu obsolète. En effet, depuis quelques années, on se rend compte
ANNA DEGIOANNI est généticienne des populations au Laboratoire méditerranéen de préhistoire, Europe-Afrique (LAMPEA, CNRS), à l’université d’Aix-Marseille.
que notre génome comporte des fragments d’ADN appartenant à d’autres espèces du genre Homo, notamment les Néandertaliens et les Dénisoviens, preuve de métissages anciens, d’hybridation entre espèces. Comment en eston arrivé à ces conclusions ? Que nous racontent-elles de notre passé ?
Grâce aux progrès techniques, le séquençage de la totalité du génome humain, compilé à partir de plusieurs individus, a été achevé en 2004. Le premier séquençage d’un seul humain a été publié en septembre 2007. Les hommes fossiles ne sont pas en reste : à la même époque, l’ADN mitochondrial de l’homme de Néandertal a été séquencé par l’équipe de Svante Pääbo, à l’institut MaxPlanck, à Leipzig, en Allemagne. Rappelons que
LES AUTRICES
les mitochondries, des organites cellulaires qui produisent l’« énergie », ne sont transmises que par les femmes. En 2010, cette même équipe a publié 60 % du génome de Néandertal à partir de l’ADN nucléaire de trois individus fossiles. Aujourd’hui plusieurs séquences complètes de l’ADN nucléaire sont connues.
Ces études génétiques ont déjà livré des informations importantes. Certaines corroborent les données des paléoanthropologues, d’autres conduisent à de nouvelles hypothèses scientifiques et d’autres encore, notamment la découverte d’une autre population fossile (les Dénisoviens), ont surpris l’ensemble de la communauté scientifique.
DES NÉANDERTALIENS À PART
tant le matériel génétique néandertalien bien conservé est rare. Il a commencé en 1997 par 379 bases extraites du premier fossile néandertalien jamais découvert, nommé Feldhofer 1 (du site Feldhofer, en Allemagne), puis s’est poursuivi par une quinzaine de fragments d’ADN mitochondrial.
La première information importante concerne la distance génétique entre l’homme moderne et l’homme de Néandertal. Les mitochondries contiennent un ADN comportant presque 16 000 paires de bases (à comparer aux plus de trois milliards du génome nucléaire humain). Le séquençage de ce ruban fut lent
Ce travail difficile a bénéficié de grands progrès méthodologiques. Par exemple, en 2004, David Serre, alors à l’institut Max-Planck de Leipzig, et ses collègues ont mis au point une procédure qui amplifie (on réplique des séquences géniques par réaction enzymatique) spécifiquement l’ADN mitochondrial de Néandertaliens. Le séquençage complet de l’ADN mitochondrial du fossile Vindija 80 (du site de Vindija, en Croatie) a été publié en 2008, ceux de Feldhofer 1 et 2, de Vindija 33, de Mezmaiskaya (en Russie) et El Sidrón 1253 (du site El Sidrón, en Espagne), en 2009. Désormais, nous connaissons 23 séquences partielles (des régions hypervariables) et 12 séquences complètes d’ADN mitochondrial de Néandertaliens, ainsi que 9 d’ADN nucléaire.
L’être humain, et particulièrement son génome, est une mosaïque où l’on trouve des traces des nombreux métissages de l’espèce Homo sapiens avec ses proches parents, Néandertaliens, Dénisoviens… >
L’ESSENTIEL
Aujourd’hui, les humains ne sont représentés que par une seule espèce : Homo sapiens
Ce ne fut pas toujours le cas, et par le passé, plusieurs espèces du genre Homo ont cohabité (Néandertaliens, Dénisoviens…) et se sont métissées.
Plus encore, grâce à des techniques d’apprentissage
profond, ou des analyses génétiques classiques, on peut mettre en évidence des croisements avec des espèces, ou au moins des souspopulations, inconnues du registre fossile.
Notre arbre généalogique compterait au moins trois de ces fantômes !
L’AUTRICE
JORDANA CEPELEWICZ est journaliste au magazine Quanta.
Des fantômes tapis dans notre ADN
Les fossiles racontent une histoire incomplète de l’humanité. L’intelligence artificielle et la génétique comblent les lacunes et mettent au jour des espèces inconnues par ailleurs.
L’intelligence artificielle débusque de nouvelles branches dans l’arbre généalogique des humains : des espèces fantômes.
Lorsque les humains modernes (Homo sapiens) ont pour la première fois migré hors d’Afrique, il y a environ 70 000 ans, au moins deux espèces apparentées, et aujourd’hui éteintes, les attendaient déjà sur le continent eurasien : des Néandertaliens et des Dénisoviens. Ces humains archaïques se sont métissés avec les premiers hommes modernes fraîchement débarqués, laissant derrière eux des fragments de leur ADN dans le génome de populations non africaines (celles restées sur leur continent d’origine n’ont pas eu l’occasion de telles rencontres). L’histoire pourrait en rester, finalement, assez simple. Il n’en est rien.
De nombreux indices pointent vers une histoire encore plus colorée et complexe. Par exemple, en 2018, l’équipe de Svante Pääbo, de l’institut Max-Planck pour l’anthropologie évolutive, à Leipzig, en Allemagne, annonçait la découverte d’un fragment osseux mis au jour dans une grotte sibérienne, qui avait appartenu à la fille d’une mère néandertalienne et d’un père dénisovien. C’était la première preuve fossile d’un métissage humain de première génération n’impliquant pas Homo sapiens.
DES UNIONS INDÉTECTABLES
Malheureusement, de tels fossiles sont très rares (nous n’avons découvert les Dénisoviens qu’à partir de l’ADN d’un simple fragment de phalange). De nombreux autres couples ancestraux auraient facilement pu se former, impliquant y compris des groupes déjà
Bill O’Leary/The Washington Post via Getty Images
RENDEZ-VOUS
P. 114
DONNÉES À VOIR DES INFORMATIONS SE COMPRENNENT MIEUX LORSQU’ELLES SONT MISES EN IMAGES
P. 118
SPÉCIMEN
UN ANIMAL ÉTONNANT CHOISI PARMI CEUX PRÉSENTÉS SUR LE BLOG « BEST OF BESTIOLES »
P. 110
REBONDISSEMENTS DES ACTUALITÉS SUR DES SUJETS ABORDÉS DANS LES HORS-SÉRIES PRÉCÉDENTS
P. 116
LES INCONTOURNABLES DES LIVRES, DES EXPOSITIONS, DES SITES INTERNET, DES VIDÉOS, DES PODCASTS… À NE PAS MANQUER
P. 120
ART & SCIENCE COMMENT UN ŒIL SCIENTIFIQUE OFFRE UN ÉCLAIRAGE INÉDIT SUR UNE ŒUVRE D’ART
HORS-SÉRIE N° 104 : OCÉANS
Corail : un problème de synchronisation
Le réchauffement climatique et d’autres facteurs font peser une menace jusqu’alors insoupçonnée sur les récifs coralliens : l’asynchrone libération des gamètes, qui nuit à leur reproduction.
L’avenir incertain des récifs coralliens était une des préoccupations du HorsSérie n° 104 : « Océans. Le dernier continent à explorer ». De fait, les menaces qui pèsent sur ces édifices et les organismes qui les produisent sont légion : la surpêche, la pollution, l’acidification des océans, le réchauffement des eaux océaniques… Tom Shlesinger et Yossi Loya, de l’université de Tel Aviv, en Israël, viennent d’ajouter un nouveau péril à la liste. Et il est particulièrement sournois.
Au début de l’été, la nuit, les eaux chaudes qui abritent le corail se voient soudain troublées. C’est que les coraux, le plus souvent hermaphrodites, ont pondu. La mer se remplit de millions d’ovules colorés (rose, vert, jaune…) ainsi que de nuages géants de spermatozoïdes. Les gamètes remontent vers la surface en une neige inversée et, au gré des rencontres, fusionnent en œufs, de futurs petits polypes qui iront construire de nouveaux édifices. La saison des amours est brève, quelques heures pendant une ou deux nuits. La synchronisation de la libération des deux types de gamètes est donc cruciale. Sa réussite repose sur des réglages précis à plusieurs échelles de temps : de celle du mois pour la gamétogenèse à celle de la minute pour la libération des gamètes. Cette belle mécanique est désormais grippée.
Les deux biologistes ont suivi pendant plusieurs années des récifs, en mer Rouge, à Eilat et à Aqaba, et ont comparé les données recueillies au même endroit il y a trente ans. Le constat est accablant. Pour trois des cinq espèces suivies, la synchronicité de la libération des gamètes est perdue. Plus précisément, les coraux fraient petit à petit et sur une période s’étalant jusqu’à deux mois, plutôt qu’en une seule fois. Les chances de fertilisation sont drastiquement diminuées, et la survie des espèces menacée.
Comment expliquer ce dérèglement ? Selon les auteurs de l’étude, on peut incriminer le réchauffement des eaux, et vraisemblablement la pollution qui perturberait le cycle hormonal du corail. La pollution lumineuse pourrait, elle aussi, être en cause.
Le danger est insidieux, car « le récif luimême n’est pas menacé », explique Tom Shlesinger. « Mais certaines espèces qui semblent actuellement abondantes pourraient bien disparaître d’ici à quelques décennies, faute de pouvoir se reproduire. On peut aussi craindre que la désynchronisation ne commence à toucher d’autres espèces et d’autres régions du globe. » Sale temps pour le corail !
T. SHLESINGER ET Y. LOYA, SCIENCE, VOL. 365, PP. 1002-1007, 2019
Les premiers ovules de ce corail sont libérés en mer. Ont-ils une chance d’être fertilisés ?
Dépression et bains de forêts
Les bienfaits des bains de forêts, (Shinrin-yoku en japonais) étaient vantés dans le Hors-Série n° 101 : « La révolution végétale ». Akemi Furuyashiki et ses collègues de l’université de Hiroshima, au Japon, viennent d’en apporter une nouvelle preuve. Ils ont suivi quelque 155 travailleurs, dont 37 % présentaient des tendances dépressives, après de tels bains de forêts, et ont comparé les bienfaits de ce séjour dans les deux groupes. Tous les participants ont vu leur tension artérielle et leur pouls s’améliorer. Et surtout, l’humeur (mesurée par des tests calibrés) des travailleurs dépressifs a retrouvé les niveaux mesurés chez les autres individus.
A. FURUYASHIKI ET AL., ENVIRON. HEALTH PREV. MED., VOL. 24(1), 46, 2019
Approcher p
Le nombre p était une des stars du Hors-Série n° 103 : « L’ordre caché des nombres » où l’on s’intéressait notamment aux façons de l’approcher par des nombres rationnels comme 22/7, 355/113… La qualité de ces approximations est au cœur de la conjecture proposée en 1941 par Richard Duffin et Albert Schaeffer, qui vient d’être démontrée par James Maynard et Dimitris Koukoulopoulos. En 1837, Dirichlet avait montré que pour tout irrationnel, il existe une infinité de fractions qui l’approchent autant qu’on le souhaite, à mesure que le dénominateur augmente. La conjecture DuffinSchaeffer approfondit cette relation entre précision de l’approximation et taille du dénominateur. Elle entraîne notamment l’alternative suivante : selon les paramètres choisis, vous pouvez approcher soit presque tous les irrationnels, soit quasiment aucun. La démonstration explique cette dichotomie. L’usage de graphes pour parvenir à ce résultat de théorie des nombres a surpris la communauté, peut-être plus encore que le résultat lui-même !
D. KOUKOULOPOULOS ET J. MAYNARD, ARXIV.ORG/ABS/1907.04593
HORS-SÉRIE N° 102 : MÉMOIRE
Alzheimer, entre le gris et le blanc
Conséquence du vieillissement de la population, la maladie d’Alzheimer touchera de plus en plus d’individus à travers le monde, rappelait le Hors-Série n° 102 : « Les mutations de notre mémoire ». Il importe donc de bien comprendre l’évolution de la maladie et de poser un diagnostic le plus tôt possible pour espérer, un jour, la traiter, quand des traitements auront été mis au point. Jie Zhao, de l’université Hebei, à Baoding, en Chine, ont exploré une piste inédite.
On s’attend à ce que la matière grise du cerveau (elle réunit l’ensemble des corps cellulaires des neurones) soit la plus intensément touchée dans le déclin cognitif. Ce n’est pas le cas. Plusieurs anomalies de la substance blanche (principalement composée des axones des neurones) ont été associées à la maladie d’Alzheimer. En outre, les signes caractéristiques de la maladie (les peptides bêta-amyloïdes qui s’accumulent en plaques et les protéines tau hyperphosphorylées) se trouvent aussi bien dans la substance blanche que la matière grise. Les liens entre substance blanche et matière grise dans la maladie d’Alzheimer sont plus profonds encore.
Par diverses méthodes d’imagerie, les biologistes chinois ont comparé les cerveaux de malades à ceux d’individus sains. Les résultats montrent une notable différence de connectivité fonctionnelle (des liens entre zones partageant des fonctions identiques) entre la substance blanche et la matière grise, un peu partout dans le cerveau, comme si, à mesure que la maladie progresse, le cerveau se séparait en deux zones…
Selon les chercheurs, le suivi par imagerie de cette connectivité fonctionnelle serait un biomarqueur important de l’évolution de la maladie, et ce, dès les premiers stades.
J. ZHAO ET AL., BRAIN BEHAV., PRÉPUBLICATION EN LIGNE, 2019
HORS-SÉRIE N° 103 : NOMBRES
La vie, l’univers, le reste… et la somme des cubes
Le nombre 42 est bien la somme des cubes de trois entiers. C’était le dernier nombre inférieur à 100 pour lequel ce n’était pas prouvé.
Le nombre 42 a été le dernier (parmi ceux inférieurs à 100) à livrer les trois nombres dont il est la somme des cubes.
Il est des nombres qui se distinguent des autres sans en avoir l’air, et le Hors-Série n° 103 : « L’ordre caché des nombres » racontait les secrets de quelques-uns. Ainsi en va-t-il de 42 ! Pour quelle raison ? Il est certes la réponse à la grande question sur la vie, l’univers et le reste qui est posée dans le Guide du routard galactique, de Douglas Adams, mais il est aussi, parmi les entiers inférieurs à 100, le seul pour lequel on ignorait s’il était la somme de trois cubes. Il vient de rentrer dans le rang grâce aux efforts d’Andrew Booker, de l’université de Bristol, en Grande-Bretagne. Ce mathématicien a en effet trouvé les trois entiers x, y et z, tel que x3 + y3 + z3 = 42.
Le problème avait été posé en 1954 par Louis Mordell, de l’université de Cambridge. Les cas simples ont été rapidement résolus et les cas impossibles écartés. Ces derniers consistent en tout nombre égal à 4 ou 5 modulo 9, c’està-dire ceux dont le reste de la division par 9 est égal à 4 ou 5 : soit 4, 5, 13, 14, 22, 23… Mais certains nombres ont longtemps résisté aux assauts des mathématiciens. Une solution pour 74 a été trouvée en 2016, et une autre pour 33 seulement en mars 2019, restait 42. Pour en venir à bout, Andrew Booker a utilisé un algorithme de sa composition, avec lequel il avait déjà fait tomber 33. Cependant, le superordinateur de son université était impuissant pour 42. Il s’est alors tourné vers Andrew Sutherland, du MIT, un spécialiste du calcul parallèle, et a avec lui utilisé Charity, un « ordinateur virtuel international » fonctionnant avec les disponibilités de 500 000 ordinateurs personnels. Après l’équivalent de millions d’heures de calcul, la réponse est tombée. 42 = (– 80 538 738 812 075 974)3 + 80 435 758 145 817 5153 + 12 602 123 297 335 6313 . Et à l’instar de celui du Guide du routard, l’ordinateur est formel : « J’ai vérifié très soigneusement et c’est incontestablement la réponse exacte. » Le problème reste désormais ouvert pour quelques nombres inférieurs à 1 000 : 114, 165, 390, 579, 627…
LE COMMUNIQUÉ DE L’UNIVERSITÉ DE BRISTOL : HTTP://BIT.LY/UB-QUAD
Dernières nouvelles de Sapiens
Révolution dans nos origines
S. CONDEMI ET F. SAVATIER
FLAMMARION, 2018 (160 PAGES, 12 EUROS)
Homo sapiens est décidément une drôle d’espèce. On le pensait apparu quelque part en Afrique de l’Est il y a 200 000 ans, et voilà qu’on détecte sa présence bien plus tôt, et sur tout le continent. Pire, ou mieux, comme on voudra : la génétique a montré qu’il y a peu nous partagions cette planète avec d’autres espèces humaines désormais disparues et avec lesquelles nous nous sommes métissés ! C’est dire l’urgence de faire le point sur nos ancêtres et d’écouter les dernières nouvelles de Sapiens.
Voulez-vous savoir ?
Ce que nos gènes disent de notre santé
PASCAL PUJOL
HUMENSCIENCES, 2019 (184 PAGES, 20 EUROS)
Nos prédispositions génétiques touchent le cancer, les maladies cardiaques, certaines pathologies rares. Les progrès de la génétique permettent aujourd’hui de prédire un nombre croissant de ces maladies afin de mieux les soigner en les dépistant plus tôt, voire de les éviter. Jusqu’où faut-il aller ? Que dire à cette jeune femme porteuse d’un gène héréditaire de cancer du sein ? Faut-il étendre les tests génétiques à la population générale ? Pour aider à répondre à ces questions, l’auteur nous fait vivre les situations auxquelles il est quotidiennement confronté.
Origines : l’ADN a-t-il réponse à tout ?
PIERRE DARLU
LE POMMIER, 2016 (128 PAGES, 7,90 EUROS)
Comment l’ADN peut-il nous aider à remonter à la rencontre de nos ancêtres, proches ou lointains parents ? Que permet-il de plus que la paléontologie ou l’archéologie ? Que nous livre-t-il de la grande et de la petite histoire de l’humanité ? Mais que penser de l’intérêt croissant pour la biologisation de nos origines et des sociétés qui « vendent » des ancêtres à partir d’échantillons d’ADN ? Cela ne va-t-il pas à l’encontre d’une vision plus « métissée » de l’humanité ?
L’ADN, un outil généalogique
NATHALIE JOVANOVIC-FLORICOURT
ARCHIVES ET CULTURE, 2019
(112 PAGES, 12 EUROS)
Les tests ADN font non seulement l’objet de débats éthiques et médicaux, mais leur autorisation à des fins de loisir généalogique est de plus en plus réclamée. Le cadre législatif actuel vole en éclat, les généalogistes étant très nombreux à demander des tests à l’étranger et à retrouver des cousins par ce biais. Dans ce guide actualisé, l’autrice rappelle les contraintes légales et donne aussi tous les outils d’analyse permettant d’interpréter et d’utiliser au mieux les résultats d’un test et les comparaisons avec les bases de données génétiques.
La génétique en BD
LARRY GONICK
LAROUSSE, 2016
(240 PAGES, 17,99 EUROS)
Pourceux qui ont tout oublié, une bande dessinée bourrée d’humour qui explique, depuis les fondamentaux jusqu’aux mécanismes les plus complexes, le monde incroyable de la génétique. Une progression pédagogique et amusante : les observations de l’hérédité depuis la nuit des temps (un chapitre hilarant), les lois de Mendel, la cellule, les chromosomes, la modélisation de l’ADN par Watson et Crick, la transmission des gènes dominants et récessifs, la synthèse des protéines, le génie génétique… Un équilibre subtil entre le dessin scientifique et l’humour de bandes dessinées.
BANDE DESSINÉE
DONNÉES
Conditions favorables
Croissance rapide
Augmentation de la distance entre chaque ligne (cerne large)
Conditions défavorables
Croissance lente
Diminution de la distance entre chaque ligne (cerne étroit)
Influence de l’environnement non mesurable (lignes droites)
Variations de l’environnement (lignes déformées)
Forte augmentation des variations de l’environnement (nœuds entre les lignes)
Un arbre en direct
Grâce à une série de capteurs, une installation artistico-scientifique rend compte de la croissance d’un arbre en temps réel.
Connaissez-vous la dendrochronologie ?
C’est l’art de faire parler les cernes de croissance d’un arbre. Chaque année, sous des latitudes tempérées, les arbres produisent au niveau de leur tronc une nouvelle couche de bois, un cerne. Leur étude fournit une méthode de datation des pièces de bois, et aide à reconstituer les climats anciens (pollution atmosphérique, température, pluviométrie…). En effet, la croissance d’un cerne est particulièrement dépendante de l’environnement : par exemple, le cerne est étroit les années sèches et plus large les années pluvieuses. C’est pour rendre compte de cette sensibilité que l’artiste néerlandais Thijs Biersteker et le botaniste italien Stefano Mancuso ont installé Symbiosia dans les jardins de la Fondation Cartier, à l’occasion de l’exposition « Nous les arbres ».
Cette datavisualisation crée en direct des « cernes numériques » à partir de données réelles provenant de deux arbres du jardin. Douze capteurs (pour 1 800 points de données) placés sur et autour des arbres mesurent en temps réel la température de l’air et celle du sol, l’humidité, la pluie, les rayonnements, la quantité de dioxyde de carbone dans l’atmosphère, la présence de composés organiques volatils… Ces données sont ensuite traduites sur deux grands écrans en une coupe de tronc un cerne est généré chaque seconde. Le temps est raccourci pour mieux constater l’influence des perturbations environnementales. Ainsi, une forte perturbation de l’environnement s’inscrit sous la forme d’un nœud dans le tronc virtuel (voir ci-contre)
Selon Thijs Biersteker, Symbiosia donne la parole aux arbres et leur permet de participer à l’un des plus importants débats actuels : celui qui concerne le réchauffement climatique.
Augmentation des composés organiques volatiles
Signaux de stress détectés par les arbres
Exposition « Nous les Arbres », jusqu’au 10 novembre 2019, à la Fondation Cartier pour l’art contemporain, à Paris. bit.ly/FC-Arbres
La Floride, un sacré Graal pour les pythons !
La Floride, un sacré Graal pour les pythons !
Depuis les années 1980, les pythons ont envahi la Floride, et particulièrement la région marécageuse des Everglades.
Ils y déciment la faune locale, soit qu’ils soient en concurrence avec, soit qu’ils la… dévorent. Pour mieux combattre ce fléau rampant et nageant, il convient de mieux le connaître. Les résultats de Margaret Hunter, de l’institut d’études géologiques des États-Unis, à Gainesville, en Floride, et de ses collègues, vont dans ce sens.
On pensait avoir uniquement affaire à des pythons birmans (Python bivittatus), mais les analyses génétiques des chercheurs ont mis en évidence une hybridation avec une autre espèce, le python molure (Python molurus) Ce n’est pas une bonne nouvelle, car l’invasion consiste donc en deux lignées différentes, ce qui offre un plus grand éventail d’adaptations possibles, et donc un plus grand territoire à conquérir.
M. Hunter et al., Ecol. Evol., vol. 8, pp. 9034-9047, 2018.
Cette photographie est extraite du blog Best of Bestioles : http://bit.ly/PLS-BOB
Léonard de Vinci, maître géologue
Le décor de La Vierge aux rochers conservée au Louvre témoigne, chez Léonard de Vinci, d’une connaissance approfondie de la géologie.
Dans les années 1480, Léonard de Vinci, arrivé de Toscane, s’installe à Milan, au service du puissant duc Ludovic Sforza. À cette époque, il reçoit la commande de la confrérie de l’Immaculée Conception : le panneau central d’un retable d’une nouvelle chapelle montrant la Vierge Marie, son enfant, des anges et deux prophètes. Il n’en fera qu’à sa tête et remplacera les prophètes par un saint Jean-Baptiste enfant : c’est La Vierge aux rochers, exposée au Louvre, à Paris. Les commanditaires refusent l’œuvre, sans doute à cause de l’importance prise par le saint dans la composition. Une seconde version plus conforme aux attentes sortira de l’atelier du maître, conservée à la National Gallery de Londres, mais dans quelle mesure le maître y a-t-il participé ?
Laissons la Vierge à son enfant, et penchonsnous avec la géologue et historienne de l’art Ann Pizzorusso sur les rochers, ceux de la version du Louvre. Selon elle, le décor est en parfait accord avec ce que l’on peut voir dans la nature. La précision géologique est remarquable. L’essentiel des parois est constitué de grès, une roche sédimentaire, sauf dans la partie supérieure et à droite du tableau où les formations rocheuses sont différentes, plus nettes dans leurs contours et brillantes au soleil. On reconnaît de la diabase, une roche dite métamorphique d’origine volcanique. On distingue même sur la toile les fissures qui se forment quand la lave a refroidi.
De même, les fleurs sont parfaitement réalistes et ne sont installées que là où le grès s’est suffisamment érodé pour autoriser un enracinement. On identifie une ancolie commune, des cyclamens, des iris… Le symbolisme n’est pas oublié, et plutôt que de peindre une rose blanche, souvent choisie pour représenter la pureté du Christ, mais impensable dans une grotte, Léonard opte pour une primevère, sous le bras levé de Jésus, dont les fleurs blanches évoquent la vertu. Qu’en est-il de La Vierge de Londres ? Les libertés prises avec le réalisme interrogent. Par exemple, la fleur d’une jonquille est conforme à la réalité, mais la morphologie des feuilles est inexacte. De même, les rochers ressemblent plus à du calcaire qu’à du grès, ce qui n’a aucun sens dans ce contexte géologique précise Ann Pizzorusso. À l’arrière-plan, un lac glaciaire ou peut-être un fjord détonne, car il n’y a pas de fjords en Italie, et les lacs glaciaires en Lombardie ne seraient pas cernés par un relief aussi escarpé. Le tableau devrait beaucoup plus à Ambrogio de Predis, ami du maître, qu’à ce dernier. Mais cette fois, la confrérie l’avait acceptée !
A. Pizzorusso, Leonardo’s Geology : The Authenticity of the Virgin of the Rocks, Leonardo, vol. 440, 1996.
Vous pouvez admirer la Vierge aux rochers à l’exposition « Léonard de Vinci », au musée du Louvre, jusqu’au 24 février 2020.
On ignore toujours de quoi sont composés 95 % de l’Univers. Matière noire, énergie sombre… la nature de ces ingrédients « inventés » pour rendre compte d’observations se dérobe toujours à l’investigation des physiciens. Peut-être pas pour longtemps, tant les nouveaux instruments et les nouvelles théories se multiplient, comme celles mettant en scène des trous noirs, ces autres objets obscurs que l’on a récemment vus sous le feu des projecteurs.
