Issuu

WORKSHOP part IV

Utilização do VMD na simulação molecular Nuno M.F. S. A. Cerqueira Carla Teixeira Henrique Fernandes

UCIBIO@REQUIMTE Faculdade de Ciências, Universidade do Porto - Portugal E-mail: nscerque@fc.up.pt Website: http://web.fc.up.pt/pessoas/nscerque

3. VMD - Visual Molecular Dynamics Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD is a molecular visualization program for displaying, animating, and analyzing large biomolecular systems using 3-D graphics and built-in scripting. VMD supports computers running MacOS X, Unix, or Windows, is distributed free of charge, and includes source code. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Humphrey W1, Dalke A, Schulten K., “VMD: visual molecular dynamics.”, J Mol Graph. 1996 Feb;14(1):33-8, 27-8.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Basic

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.1. Graphical interface Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Main Menu

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

OpenGL Display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Terminal Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.1. Graphical interface Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Main Menu

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Menu options

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ID of the molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Active Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Molecule Name Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Number of atoms in the molecule

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.1. Graphical interface Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Main Menu

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• Change representation of a molecule • Make selections

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change color of the atoms

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Add/Delete Labels to atoms Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Show all atoms in the openGL Display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change type of representations

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Add fog to display to enhance depth of view.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Load New Molecules Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Save Molecule to a new File Load/Save scenes in VMD

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Add lights to the openGL Display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

turn on/off axes or change location

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change background Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Make a screenshot Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Resolution of the openGL Display Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Advanced feature to the openGL 6 display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.1. Graphical interface Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Main Menu

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Plug-ins that enhance the VMD application Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Rotate/Translate/Scale Molecules in the openGL Display Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Add labels

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change lights direction Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.1. Graphical interface Nuno M. F. S. A. Cerqueira

General

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Move molecules

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Rotate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Translate

Scale Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Key T

Key R Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Key S

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.2. Load a new molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Basic

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Example Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.2. Load a new molecule

Structure of Myoglobin

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

PDB code: 1mbn

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Structural biology was born in 1958 with John Kendrew's atomic structure of myoglobin, and in the following decade, the field grew rapidly. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1. Load molecule

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Download from the PDB databank site, and upload in VMD through the File menu.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Upload from the VMD plug-in: PDB Data Query 1.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. write PDB code 2.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

3. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

3. 4.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Molecule Information Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule

2. Change the representation of a molecule

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Molecule whose representation is being changed Nuno M. F. S. A. Cerqueira

IMPORTANT Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Before a representation is changed, it must be selected first.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Add or Remove a new Representations

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Representations List

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Selection entry Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

TAB Selections: Selections keywords TAB Draw Style: Change representation of the molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

TAB Draw Style: Change representation of the molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Molecule Color Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Material

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Drawing Method

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

TAB Selections: Selections keywords

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Keyword

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Meaning Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

General Keywords

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

all

select all atoms

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Examples: protein

select only the atoms that make part of the proton structure Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

not protein

select all atoms that do not make part of the proton Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Keyword water resname ALA Nuno M. F. S. A. Cerqueira

resid 121 name C

select only the waters present on the Meaning structure select all atoms of the residue with the name ALA

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

select all atoms of the residue with the ID 121

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

select all atoms with the name C Nuno M. F. S. A. Cerqueira

index 1231

select the atom with the index 1231 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Specific Keywords

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule A. Representations commands Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Style

Color

Selection

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Material Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

NewCartoon Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ColorID 30

protein

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Licorice

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Name

not protein

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Representations commands

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Style

Color

Selection

Material

NewCartoon

ColorID 30

protein

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Licorice

Name

VDW

Name

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

not protein

Opaque

name FE

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

surf Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

colorID 20

not protein

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

C. Change Background Color Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change Display Background color to white Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

D. Change Atoms Color

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change Atoms which have the Name C to yellow.

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

E. Change Selections Material

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Style

Color

Selection

Material Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

NewCartoon

ColorID 30

protein

Opaque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Licorice Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Name

not protein

GoodSell

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VDW

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Name

name FE

EdgyShiny

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

surf

colorID 20

not protein

Glass1

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

F. Add more light to the openGL Display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Display Menu Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Select all the Lights Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.3. Change the representation of a Molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Change the representation of a molecule Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

G. Change Direction of the Lights

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Mouse Menu Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Select the Lights that is going to be rotated

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Move mouse on the VMD OpenGL display to move the selected light, while the left button of the mouse is selected Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.4. Make a screen Shot Nuno M. F. S. A. Cerqueira

3. Render an Image from the VMD openGL Display Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Before rendering

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

After rendering

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.4. Make a screen Shot

4 Other PDBs

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

PDB

Enzyme/Protein

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1aoi

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nucleosome

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2zz9

Aquoporins

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1vdv

Xanthine Oxidase

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

1ebz

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

HIV Protease

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. VMD Tutorial - Basic 4.4. Make a screen Shot Nuno M. F. S. A. Cerqueira

4. How to open TGA files Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Windows:

http://www.irfanview.com

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

MacOS: Preview or Quick time should open the file Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Intermediate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Intermediate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Advanced Selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Structure of Nitrate Reductase Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

PDB code: 2nap

Nitrate reductase represents a short, soluble electron transport chain localized in the cytosol, catalyzes the NAD(P)H reduction of NO3 to NO2 and plays a key role in the regulation of NO 3 assimilation in lower and higher plants.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Final result that is pretended.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Cys residue Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Oxygen from a water molecule

metal Mo

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Pterin 1 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Pterin 2 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1: Select the residues that are not protein Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Open the Representations Menu Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• Go to the Selections TAB

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• Select keyword rename and search for the keyword that are not amino acids Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1: Select the residues that are not protein Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• It can be difficult to select some residues! In these cases follow the next procedure: Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

2. Click on key “1” and select the atoms

1. Use the selection command : all within X of selection Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Example: all within 10 of rename MO Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1: Select the residues that are not protein Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Goto Representation window and add the selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

See in the terminal window the reside of the clicked atoms Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 2: Connectivity problems

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

The atoms between the Mo atom, the Cys residue, the water molecule and the pterins are not covalent bonded. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Make a new selection and select the representation Dynamic bonds

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Increase distance cut-off to 2.6 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Selection: all within 3 of rename MO Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.1. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced selections Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 3: Make all the adjustments to generate the pretended image Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

make the Mo ion to VDW, and change the color of this atom type Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change the representation to Doodsell and render the image with tachyon internal.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Open the image in a drawing program and add the labels. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Inkscape

Powerpoint Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

http://www.inkscape.org/en/ Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Intermediate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Render Images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.2. Render images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Render Images with High Quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Tachyon render

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Options Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

command line Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.2. Render images with high quality

Tachyon render options

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Usage: /Applications/VMD 1.9.1.app/Contents/vmd/tachyon_MACOSXX86 modelfile [options] Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Model file formats supported: filename.dat -- The model files originated with this package. filaname.ac -- AC3D model files. filename.nff -- The NFF scene format used by Eric Haines' SPD. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Valid options: (** denotes default behaviour) ---------------------------------------------Message Options: +V verbose messages on -V verbose messages off **

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Transparent Surface Shadowing Options: -shadow_filter_on Transparent objects cast shadows** -shadow_filter_off Transparent objects do not cast shadows Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Fog Shading Options: -fog_radial Radial fog implementation** -fog_vmd Planar OpenGL-like fog used by VMD

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Surface Normal/Winding Order Fixup Mode: -normalfixup [off | flip | guess] (**off is default)

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Antialiasing Options: -aasamples xxx (maximum supersamples taken per pixel) (** default is 0, or scene file determined) Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Shading Options: -fullshade best quality rendering (and slowest) ** -mediumshade good quality rendering, but no shadows -lowshade low quality rendering, preview (and fast) -lowestshade worst quality rendering, preview (and fastest)

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Lighting Options: -rescale_lights xxx rescale light intensity values by specified factor (performed before other lighting overrides take effect) -auto_skylight xxx force use of ambient occlusion lighting, auto-rescaling direct light sources to compensate for ambient occlusion factor. (use value 0.7 as a good starting point) -add_skylight xxx force use of ambient occlusion lighting, manually-rescaling direct light sources to compensate for ambient occlusion factor. -skylight_samples xxx number of sample rays to shoot. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Specular Highlight Shading Options: -shade_phong Phong specular highlights -shade_blinn Blinn's specular highlights** -shade_blinn_fast fast approximation to Blinn's highlights -shade_nullphong disable specular highlights Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

override scene-defined output image size set output file name clamp pixel values to [0 to 1) (** default) normalize pixel values to [0 to 1) normalize apply gamma correction 24-bit Windows BMP (uncompressed) XXX Not compiled into this binary XXX XXX Not compiled into this binary XXX 24-bit PPM (uncompressed) 48-bit PPM (uncompressed) 48-bit PSD (uncompressed) 24-bit SGI RGB (uncompressed) 24-bit Targa (uncompressed) ** Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Output Options: -res Xres Yres -o outfile.tga -clamp -normalize -gamma val -format BMP -format JPEG -format PNG -format PPM -format PPM48 -format PSD48 -format RGB -format TARGA

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Animation Related Options: -camfile filename.cam Animate using file of camera positions. -nosave Disable writing of output frames to disk (only used for doing real-time rendering) Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Interactive Spaceball/SpaceNavigator Control: -spaceball Enable Spaceball/SpaceNavigator camera flight -spaceballport serialportdevicename (only for serial devices) Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Speed Tuning Options: -raydepth xxx (maximum ray recursion depth -numthreads xxx (** default is auto-determined) -nobounding -boundthresh xxx (** default threshold is 16)

Transparency Shading Options: -trans_max_surfaces xxx Limit the number of transparent surfaces shown to the number specified -trans_orig Original implementation** -trans_raster3d Raster3D angle-based opacity modulation -trans_vmd Opacity post-multiply used by VMD

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.2. Render images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Render Images with High Quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Open External render Options Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Activate Shadows and Ambient Occlusion Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

The Shadows and Amb. Occl. will allow to include shadows and reflections in the rendered image

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Try the following options: Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Shadows: 20 Amb. Occl. 80 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Note: The modifications will only be visible when the image is rendered ( see next slide for more details ). When these options are activated the rendering of the image can take several minutes. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Shadows: 80 Amb. Occl. 20

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.2. Render images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Render Images with High Quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Keywords for images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Change the filename location clicking in Browser Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

In windows OS change the render command in order to export as BMP

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

-aasamples 12 %s -format BMP -res 800 800 -o %s.bmp

click start rendering to save the image. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Note: do not forget to change this

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.2. Render images with high quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

B. Render Images with High Quality Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Before rendering

Tachyon

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Internal tachyon

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Intermediate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Show scale in VMD Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.3. Show scale on VMD Display Nuno M. F. S. A. Cerqueira

C. Show scale in VMD Display Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Intermediate

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Make animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.4. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

D. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Movie Maker Plug-in

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Tachyon render provides better results but it is slowe.

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 3 Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 2 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

IMPORTANT Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 4 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

This software only generates the images. An external program is required to generate the movie. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.4. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

D. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

External Program required to generate the movie Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Microsoft Windows

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

•

POV-Ray 3.6 requires that you check the "No restrictions" for reading writing files option, and disable the "single instance" option in the POV-Ray graphical interface so that VMD can execute POV-Ray automatically. On Windows, the program VideoMach is currently required for all movie generation tasks. It is a shareware program and is available for trial download from the VideoMach web site. Registration costs $29 for non-commercial use, and $99 for commercial use. Looking for other movie converters! We are looking for free movie converter packages which can be run on Windows in batch mode as is currently possible with VideoMach. If you know of free movie compression programs that work well on Windows, please email vmd@ks.uiuc.edu and let us know so we can add support for them in future versions of the movie maker plugin. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• •

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

MacOS X • Install the Fink package manager on your MacOS X machine. • Run 'fink install netpbm' to get the NetPBM toolkit required by the movie plugin. • Run 'fink install imagemagick-nox' to get ImageMagick, required to create animated GIF movies • When rendering or writing temporary files outside your home directory POV-Ray 3.6 requires that you edit ~/povray.conf and add lines such as "read +write /working/directory" in order to be allowed to run POV-Ray and generate files outside your home directory. You need one "read+write" line for every directory tree you want to be able to use. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• •

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

The NetPBM utilities are used to convert between image file formats such as Targa, PPM, BMP, etc. NetPBM can be downloaded from the NetPBM home page. The "ppmtompeg" program included with NetPBM is what is used for MPEG-1 encoding currently. The ImageMagick utilities are used (specifically, the "convert" program) to provide the animated GIF output format. ImageMagick is available from the ImageMagick web site. The SGI "dmconvert" tool is optionally used to provide conversions to the MPEG, QuickTime, and SGI Movie formats. This option is only available on the IRIX platforms. When rendering or writing temporary files outside your home directory POV-Ray 3.6 requires that you edit ~/povray.conf and add lines such as "read +write /working/directory" in order to be allowed to run POV-Ray and generate files outside your home directory. You need one "read+write" line for every directory tree you want to be able to use. Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

• •

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Unix platforms

5. VMD Tutorial - Intermediate 5.4. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

D. Make Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Examples

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Advanced

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

VMD Tutorial Advanced

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced 6.1.. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ViewChange Render plug-in allows to generate more advanced animation on VMD Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced 6.1.. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ViewChange Render plug-in allows to generate more advanced animation on VMD Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Preview Mode

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

View ViewPoint in the VMD OpenGL display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1

Save a viewpoint from the VMD OpenGL display

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Delete or Modify ViewPoint Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 2

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 4

Preview Movie

Step 3

increase the total time in order to decrease the speed of the animation

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced 6.1.. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ViewChange Render plug-in allows to generate more advanced animation on VMD Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Make Movie

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

ViewChange Render Plug-in Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Movie Maker Plug-in

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 1 Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Enable MovieMaker Status

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

IMPORTANT

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Step 2

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Time demanding procedure

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial - Advanced 6.1.. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

A. Advanced Animations Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Examples

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial Examples Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Exemplos de Aplicação

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Exposição Moléculas Magníficas Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial Examples Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial Examples Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

6. VMD Tutorial Examples Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

QTRex Cluster at FCUP - UP Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Theore&cal and Computa&onal Chemistry and Biochemistry Group Nuno M. F. S. A. Cerqueira

E-mail: nscerque@fc.up.pt

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Porto BioComp

Nuno M. F. S. A. Cerqueira

Website: http://web.fc.up.pt/pessoas/nscerque

Nuno M. F. S. A. Cerqueira